SAXSdb — 1bry

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BRYODIN I

Bryonia dioica

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 Y； UniProt 24–270	片段：RESIDUES 1 - 247	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；0.1M MES (PH 6.0), 23% MEPEG5K, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M LICL	分辨率 2.10 Å R-free 0.298
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 Z； UniProt 24–270	片段：RESIDUES 1 - 247	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；0.1M MES (PH 6.0), 23% MEPEG5K, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M LICL	分辨率 2.10 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIP1_BRYDI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 2–248； UniProt 24–270 作者链 Z； PDB构建体 2–248； UniProt 24–270

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bry
沉积日期 deposition_date	1997-02-14
结构标题 title	BRYODIN TYPE I RIP
关键词 keywords	RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN, IMMUNOTOXIN, BRYODIN; RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.95 Å
零角强度 I(0) i0	45278400.00
分子量 molecular_weight	54104.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68398 Å³
包络体积 envelope_volume	84961 Å³
水化壳体积 shell_volume	24920 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.18 Å
包络 Rg envelope_rg	29.73 Å
形状 Rg shape_rg	29.93 Å
总 Rg total_rg	30.55 Å
总原子数 total_atoms	3822
残基数 n_residues	494
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.3 Å
Rg (实空间) rg_real	30.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	45280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8262
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.379
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.744
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.733; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.720; Smooth: 0.817

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1bryy_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

结构域编号 domain_id	d1bryz_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1bryY01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	1bryY02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

结构域编号 domain_id	1bryZ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	1bryZ02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	65.720 Å
晶胞边长 b length_b	77.563 Å
晶胞边长 c length_c	115.601 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2980

描述 description	BRYODIN I
分子量 formula_weight	27202.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,Z
原子数 atom_count	3822

BRYODIN TYPE I RIP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BRYODIN I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Bryonia dioica
通用名 common_name	red bryony
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3652
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/br/1bry/1bry.fit
pddf	/app/data/pr_computation/br/1bry/1bry.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/br/1bry/1bry.dat