1bvp

THE CRYSTAL STRUCTURE OF BLUETONGUE VIRUS VP7

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 171.9 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7

Bluetongue virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 1–349 链 2； UniProt 1–349 链 3； UniProt 1–349	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 4； UniProt 1–349 链 5； UniProt 1–349 链 6； UniProt 1–349	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 1–349 链 2； UniProt 1–349 链 3； UniProt 1–349 链 4； UniProt 1–349 链 5； UniProt 1–349 链 6； UniProt 1–349	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP7_BTV10
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–349； UniProt 1–349 作者链 2； PDB构建体 1–349； UniProt 1–349 作者链 3； PDB构建体 1–349； UniProt 1–349 作者链 4； PDB构建体 1–349； UniProt 1–349 作者链 5； PDB构建体 1–349； UniProt 1–349 作者链 6； PDB构建体 1–349； UniProt 1–349

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bvp
沉积日期 deposition_date	1995-02-17
结构标题 title	THE CRYSTAL STRUCTURE OF BLUETONGUE VIRUS VP7
关键词 keywords	VIRUS, VP7, TRIMER, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.80 Å
零角强度 I(0) i0	772213000.00
分子量 molecular_weight	231270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	289410 Å³
包络体积 envelope_volume	382140 Å³
水化壳体积 shell_volume	61160 Å³
包络直径 envelope_diameter	179.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.26 Å
包络 Rg envelope_rg	56.27 Å
形状 Rg shape_rg	56.70 Å
总 Rg total_rg	56.96 Å
总原子数 total_atoms	16218
残基数 n_residues	2094
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.9 Å
Rg (实空间) rg_real	56.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	770600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7217
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.538
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.721
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	91460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.589; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.612; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1bvp11
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.1 — Orbivirus capsid

结构域编号 domain_id	d1bvp12
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1bvp21
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.1 — Orbivirus capsid

结构域编号 domain_id	d1bvp22
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1bvp31
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.1 — Orbivirus capsid

结构域编号 domain_id	d1bvp32
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1bvp41
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.1 — Orbivirus capsid

结构域编号 domain_id	d1bvp42
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1bvp51
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.1 — Orbivirus capsid

结构域编号 domain_id	d1bvp52
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1bvp61
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.1 — Orbivirus capsid

结构域编号 domain_id	d1bvp62
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	1bvp101
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	250 — Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 1

结构域编号 domain_id	1bvp102
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1bvp103
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	170 — Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 3

结构域编号 domain_id	1bvp201
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	250 — Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 1

结构域编号 domain_id	1bvp202
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1bvp203
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	170 — Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 3

结构域编号 domain_id	1bvp301
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	250 — Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 1

结构域编号 domain_id	1bvp302
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1bvp303
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	170 — Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 3

结构域编号 domain_id	1bvp401
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	250 — Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 1

结构域编号 domain_id	1bvp402
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1bvp403
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	170 — Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 3

结构域编号 domain_id	1bvp501
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	250 — Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 1

结构域编号 domain_id	1bvp502
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1bvp503
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	170 — Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 3

结构域编号 domain_id	1bvp601
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	250 — Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 1

结构域编号 domain_id	1bvp602
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1bvp603
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	170 — Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 3

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	83.600 Å
晶胞边长 b length_b	110.200 Å
晶胞边长 c length_c	129.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	—

描述 description	BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
分子量 formula_weight	38578.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4,5,6
原子数 atom_count	16218

THE CRYSTAL STRUCTURE OF BLUETONGUE VIRUS VP7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Bluetongue virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10900

fit	/app/data/saxs_computation/bv/1bvp/1bvp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bv/1bvp/1bvp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bv/1bvp/1bvp.dat