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1bw6

HUMAN CENTROMERE PROTEIN B (CENP-B) DNA BINDIGN DOMAIN RP1

Method: SOLUTION NMR Dmax: 41.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CENTROMERE PROTEIN B)

Homo sapiens

UniProt P07199

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–56 片段：DNA-BINDING DOMAIN 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）400 mM NA2SO4 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BW6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1HLV CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-B(1-129) COMPLEXED WITH THE CENP-B BOX DNA 提交 2000-12-04 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–129（129 aa） 片段：DNA BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；MPD, potassium cacodylate, magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.260
1UFI Crystal structure of the dimerization domain of human CENP-B 提交 2003-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 540–599（60 aa） 片段：dimerization domain
链 B 540–599（60 aa） 片段：dimerization domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.7；293 K；sodium citrate, CHES, pH 9.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.65 Å R-free 0.309
1UFI Crystal structure of the dimerization domain of human CENP-B 提交 2003-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 540–599（60 aa） 片段：dimerization domain
链 D 540–599（60 aa） 片段：dimerization domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.7；293 K；sodium citrate, CHES, pH 9.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.65 Å R-free 0.309
1UFI Crystal structure of the dimerization domain of human CENP-B 提交 2003-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 540–599（60 aa） 片段：dimerization domain
链 B 540–599（60 aa） 片段：dimerization domain
链 C 540–599（60 aa） 片段：dimerization domain
链 D 540–599（60 aa） 片段：dimerization domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.7；293 K；sodium citrate, CHES, pH 9.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.65 Å R-free 0.309
6KDR Crystal structure of human NRMT2 in complex with human centromere protein B peptide 提交 2019-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 2–10（9 aa）
链 E 2–10（9 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.3；291 K；0.1M Tris pH 8.3, 6% w/v Polyethylene glycol 8000
分辨率 2.11 Å R-free 0.205

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CENPB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bw6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bw6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bw6
沉积日期 deposition_date1998-09-30
结构标题 titleHUMAN CENTROMERE PROTEIN B (CENP-B) DNA BINDIGN DOMAIN RP1
关键词 keywords;CENTROMERE PROTEIN, DNA-BINDING, HELIX-TURN-HELIX, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, Structural Genomics, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.19 Å
零角强度 I(0) i01040100.00
分子量 molecular_weight6540.0 kDa
排除体积 excluded_volume8219 ų
包络体积 envelope_volume9627 ų
水化壳体积 shell_volume7698 ų
包络直径 envelope_diameter38.4 Å
壳层 Rg shell_rg16.29 Å
包络 Rg envelope_rg11.76 Å
形状 Rg shape_rg11.12 Å
总 Rg total_rg12.81 Å
总原子数 total_atoms951
残基数 n_residues56
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax41.4 Å
Rg (实空间) rg_real12.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0400e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0970e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1040000.0000
解质量估计 total_estimate0.8844
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.2 Å
偏度 Skewness skewness0.217
峰度 Kurtosis kurtosis-0.261
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha260000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.986
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1bw6a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.7 — Centromere-binding

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1bw6A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)