SAXSdb — 1bx9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTATHIONE S-TRANSFERASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–212	未记录	FOE-4053-glutathione conjugate GGL-FOE-GLY × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.00	分辨率 2.60 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BX9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GNW STRUCTURE OF GLUTATHIONE S-TRANSFERASE 提交 1996-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）	未记录	GTX S-HEXYLGLUTATHIONE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
5A4U AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with indole-3-aldehyde 提交 2015-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）链 E 1–212（212 aa）链 F 1–212（212 aa）	未记录	I3A 1H-INDOLE-3-CARBALDEHYDE × 8 ACT ACETATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.1M PCTP (PROPIONIC ACID, CACODYLATE, BIS-TRIS PROPANE SYSTEM, 15% (W/V) PEG 1.5K PH 7.0. PROTEIN AT 10 MG PER ML	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5A4V AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with quercetin 提交 2015-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）链 E 1–212（212 aa）链 F 1–212（212 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 6 QUE 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.1 M PTCP (PROPIONIC ACID, CACODYLATE, BIS-TRIS PROPANE SYSTEM), 15% PEG 1.5K, PROTEIN AT 10 MG PER ML, pH 7	分辨率 2.38 Å R-free 0.245
5A4W AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with quercetrin 提交 2015-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）链 E 1–212（212 aa）链 F 1–212（212 aa）	未记录	QCT 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4-oxo-4H-chromen-3-yl 6-deoxy-alpha-L-mannopyranoside × 8 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.1 M PTPC (PROPIONIC ACID, CACODYLATE, BIS-TRIS PROPANE SYSTEM), 15% PEG 1.5K; 10 MG PER ML PROTEIN, pH 7	分辨率 2.25 Å R-free 0.242
5A5K AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with camalexin 提交 2015-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–212（212 aa）链 K 1–212（212 aa）链 M 1–212（212 aa）链 P 1–212（212 aa）链 R 1–212（212 aa）链 T 1–212（212 aa）	未记录	7WB (2Z)-2-indol-3-ylidene-3H-1,3-thiazole × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2 M SODIUM ACETATE AND 20% (W/V) PEG 3350; PH 7.0; PROTEIN AT 10 MG PER ML	分辨率 2.77 Å R-free 0.284
5A5K AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with camalexin 提交 2015-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 I 1–212（212 aa）链 J 1–212（212 aa）链 L 1–212（212 aa）链 S 1–212（212 aa）	未记录	7WB (2Z)-2-indol-3-ylidene-3H-1,3-thiazole × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2 M SODIUM ACETATE AND 20% (W/V) PEG 3350; PH 7.0; PROTEIN AT 10 MG PER ML	分辨率 2.77 Å R-free 0.284
5A5K AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with camalexin 提交 2015-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–212（212 aa）链 O 1–212（212 aa）链 U 1–212（212 aa）链 V 1–212（212 aa）链 W 1–212（212 aa）链 X 1–212（212 aa）	未记录	7WB (2Z)-2-indol-3-ylidene-3H-1,3-thiazole × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2 M SODIUM ACETATE AND 20% (W/V) PEG 3350; PH 7.0; PROTEIN AT 10 MG PER ML	分辨率 2.77 Å R-free 0.284
5A5K AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with camalexin 提交 2015-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–212（212 aa）链 F 1–212（212 aa）链 G 1–212（212 aa）链 H 1–212（212 aa）链 N 1–212（212 aa）链 Q 1–212（212 aa）	未记录	7WB (2Z)-2-indol-3-ylidene-3H-1,3-thiazole × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2 M SODIUM ACETATE AND 20% (W/V) PEG 3350; PH 7.0; PROTEIN AT 10 MG PER ML	分辨率 2.77 Å R-free 0.284

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GTH4_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–211； UniProt 2–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bx9
沉积日期 deposition_date	1998-10-14
结构标题 title	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE IN COMPLEX WITH HERBICIDE
关键词 keywords	HERBICIDE, FOE-4053-glutathione conjugate, product of the detoxifying reaction, TRANSFERASE, TRANSFERASE-PEPTIDE COMPLEX; TRANSFERASE/PEPTIDE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.35 Å
零角强度 I(0) i0	10181800.00
分子量 molecular_weight	24423.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30884 Å³
包络体积 envelope_volume	34738 Å³
水化壳体积 shell_volume	16857 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.9 Å
壳层 Rg shell_rg	23.42 Å
包络 Rg envelope_rg	17.61 Å
形状 Rg shape_rg	17.34 Å
总 Rg total_rg	18.36 Å
总原子数 total_atoms	1727
残基数 n_residues	211
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.9 Å
Rg (实空间) rg_real	18.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6676
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.189
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.437
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0014
最高正则化参数 α highest_alpha	1817000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
分子量 formula_weight	24031.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1797

AGIKVFGHPASIATRRVLIALHEKNLDFELVHVELKDGEHKKEPFLSRNPFGQVPAFEDGDLKLFESRAITQYIAHRYENQGTNLLQTDSKNISQYAIMAIGMQVEDHQFDPVASKLAFEQIFKSIYGLTTDEAVVAEEEAKLAKVLDVYEARLKEFKYLAGETFTLTDLHHIPAIQYLLGTPTKKLFTERPRVNEWVAEITKRPASEKVQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FOE-4053-glutathione conjugate GGL-FOE-GLY
分子量 formula_weight	500.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ECG

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	70

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1bx9a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1bx9a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1bx9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1bx9A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.000 Å
晶胞边长 b length_b	88.830 Å
晶胞边长 c length_c	89.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/bx/1bx9/1bx9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bx/1bx9/1bx9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bx/1bx9/1bx9.dat

GLUTATHIONE S-TRANSFERASE IN COMPLEX WITH HERBICIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTATHIONE S-TRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)