SAXSdb — 1byf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (POLYANDROCARPA LECTIN)

Polyandrocarpa misakiensis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–125 链 B； UniProt 1–125	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 7 ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 7% PEG 8000, 0.2 M ZN(ACETATE) AND 100 MM NA( CACODYLATE), PH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–125 链 B； UniProt 1–125	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 7 ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 7% PEG 8000, 0.2 M ZN(ACETATE) AND 100 MM NA( CACODYLATE), PH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–125 链 B； UniProt 1–125	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 7 ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 7% PEG 8000, 0.2 M ZN(ACETATE) AND 100 MM NA( CACODYLATE), PH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BYF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TLG STRUCTURE OF A TUNICATE C-TYPE LECTIN COMPLEXED WITH D-GALACTOSE 提交 1998-10-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	未记录	GAL beta-D-galactopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.269
1TLG STRUCTURE OF A TUNICATE C-TYPE LECTIN COMPLEXED WITH D-GALACTOSE 提交 1998-10-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	未记录	GAL beta-D-galactopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.269
1TLG STRUCTURE OF A TUNICATE C-TYPE LECTIN COMPLEXED WITH D-GALACTOSE 提交 1998-10-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	未记录	GAL beta-D-galactopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.269
1TLG STRUCTURE OF A TUNICATE C-TYPE LECTIN COMPLEXED WITH D-GALACTOSE 提交 1998-10-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	未记录	GAL beta-D-galactopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.269

共 1 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LECC_POLMI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 B； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1byf
沉积日期 deposition_date	1998-10-14
结构标题 title	STRUCTURE OF TC14; A C-TYPE LECTIN FROM THE TUNICATE POLYANDROCARPA MISAKIENSIS
关键词 keywords	C-TYPE LECTIN, GALACTOSE-SPECIFIC, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.38 Å
零角强度 I(0) i0	16151200.00
分子量 molecular_weight	28499.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34705 Å³
包络体积 envelope_volume	38835 Å³
水化壳体积 shell_volume	17628 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.2 Å
壳层 Rg shell_rg	24.90 Å
包络 Rg envelope_rg	19.69 Å
形状 Rg shape_rg	19.42 Å
总 Rg total_rg	20.01 Å
总原子数 total_atoms	1967
残基数 n_residues	246
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.3 Å
Rg (实空间) rg_real	20.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6667
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.525
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.062
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3328000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.676; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.260; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.920

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (POLYANDROCARPA LECTIN)
分子量 formula_weight	14042.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2246

MDYEILFSDETMNYADAGTYCQSRGMALVSSAMRDSTMVKAILAFTEVKGHDYWVGADNLQDGAYNFLWNDGVSLPTDSDLWSPNEPSNPQSWQLCVQIWSKYNLLDDVGCGGARRVICEKELDD

来源 Source

来源生物 organism	Polyandrocarpa misakiensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7723
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	279

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1byfa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d1byfb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1byfA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	1byfB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	54.180 Å
晶胞边长 b length_b	66.450 Å
晶胞边长 c length_c	85.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	35.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/by/1byf/1byf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/by/1byf/1byf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/by/1byf/1byf.dat

STRUCTURE OF TC14; A C-TYPE LECTIN FROM THE TUNICATE POLYANDROCARPA MISAKIENSIS