SAXSdb — 1byy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SODIUM CHANNEL ALPHA-SUBUNIT)

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1474–1526	片段：INACTIVATION DOMAIN FRAGMENT	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；299 K NMR样品组成：H2O/D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BYY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KXW Structure of the C-domain Fragment of apo Calmodulin Bound to the IQ motif of Nav1.2 提交 2010-05-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1901–1927（27 aa）片段：IQ-motif of the Voltage-dependent Sodium Channel (UNP Residues 1901-1927)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C-domain of apo Calmodulin, 1.5 mM Voltage-dependent Sodium Channel v 1.2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.5 mM Voltage-dependent Sodium Channel v 1.2, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C-domain of apo Calmodulin, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2M5E Structure of the C-domain of Calcium-saturated Calmodulin bound to the IQ motif of NaV1.2 提交 2013-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1901–1927（27 aa）片段：UNP residues 1901-1927	未记录	CA CALCIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C-domain of Calmodulin, 1.5 mM IQ motif peptide of NaV1.2, 3.3 mM CALCIUM ION, 10 mM [U-2H] imidazole, 100 mM potassium chloride, 0.01 % sodium azide, 50 uM [U-2H] EDTA, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C-domain of Calmodulin, 1.5 mM IQ motif peptide of NaV1.2, 3.3 mM CALCIUM ION, 10 mM [U-2H] imidazole, 100 mM potassium chloride, 0.01 % sodium azide, 50 uM [U-2H] EDTA, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCN2A_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–53； UniProt 1474–1526

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1byy
沉积日期 deposition_date	1998-10-21
结构标题 title	SODIUM CHANNEL IIA INACTIVATION GATE
关键词 keywords	SODIUM CHANNEL, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	9.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	9.56 Å
零角强度 I(0) i0	9690770.00
分子量 molecular_weight	25369.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31938 Å³
包络体积 envelope_volume	8275 Å³
水化壳体积 shell_volume	6747 Å³
包络直径 envelope_diameter	40.7 Å
壳层 Rg shell_rg	15.96 Å
包络 Rg envelope_rg	11.93 Å
形状 Rg shape_rg	9.56 Å
总 Rg total_rg	10.17 Å
总原子数 total_atoms	3420
残基数 n_residues	210
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	41.6 Å
Rg (实空间) rg_real	9.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6910e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	9.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9691000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7043
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	8.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.498
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.244
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4739.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.372; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.041; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1byya_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.12 — Inactivation gate of potassium and sodium channels
超家族 Superfamily superfamily	j.12.1 — Inactivation gate of potassium and sodium channels
家族 Family family	j.12.1.1 — Inactivation gate of potassium and sodium channels

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	PROTEIN (SODIUM CHANNEL ALPHA-SUBUNIT)
分子量 formula_weight	6266.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3420

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

SODIUM CHANNEL IIA INACTIVATION GATE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SODIUM CHANNEL ALPHA-SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/by/1byy/1byy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/by/1byy/1byy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/by/1byy/1byy.dat