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1c0l

D-AMINO ACID OXIDASE: STRUCTURE OF SUBSTRATE COMPLEXES AT VERY HIGH RESOLUTION REVEAL THE CHEMICAL REACTTION MECHANISM OF FLAVIN DEHYDROGENATION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-AMINO ACID OXIDASE

Rhodosporidium toruloides

UniProt P80324

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–361 未记录 FLA TRIFLUOROALANINE × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；100MM HEPES 16% POLYETHYLENE GLYCOL PEG 200MM AMMONIUM SULFATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K 分辨率 1.73 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1C0L Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C0I CRYSTAL STRUCTURE OF D-AMINO ACID OXIDASE IN COMPLEX WITH TWO ANTHRANYLATE MOLECULES 提交 1999-07-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–361（361 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 BE2 2-AMINOBENZOIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100MM HEPES, POLYETHYLENE GLYCOL 10000, 200MM AMMONIUM SULFATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.249
1C0K CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF D-AMINO ACID OXIDASE IN COMPLEX WITH L-LACTATE 提交 1999-07-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–361（361 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 LAC LACTIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50
分辨率 1.46 Å
1C0P D-AMINO ACIC OXIDASE IN COMPLEX WITH D-ALANINE AND A PARTIALLY OCCUPIED BIATOMIC SPECIES 提交 1999-07-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–361（361 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 DAL D-ALANINE × 2 PER PEROXIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 MM HEPES 200 MM AMMONIUM SULFATE 16% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.20 Å R-free 0.150

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OXDA_RHOTO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–363； UniProt 1–361

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1c0l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1c0l
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1c0l
沉积日期 deposition_date1999-07-16
结构标题 titleD-AMINO ACID OXIDASE: STRUCTURE OF SUBSTRATE COMPLEXES AT VERY HIGH RESOLUTION REVEAL THE CHEMICAL REACTTION MECHANISM OF FLAVIN DEHYDROGENATION
关键词 keywordsFLAVIN CONTAINING PROTEIN ALPHA-BETA-ALPHA MOTIF, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.33 Å
零角强度 I(0) i029241200.00
分子量 molecular_weight40496.0 kDa
排除体积 excluded_volume50279 ų
包络体积 envelope_volume57865 ų
水化壳体积 shell_volume22822 ų
包络直径 envelope_diameter80.2 Å
壳层 Rg shell_rg28.10 Å
包络 Rg envelope_rg22.10 Å
形状 Rg shape_rg21.29 Å
总 Rg total_rg22.29 Å
总原子数 total_atoms2850
残基数 n_residues363
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.9 Å
Rg (实空间) rg_real22.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29240000.0000
解质量估计 total_estimate0.7802
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.9 Å
偏度 Skewness skewness0.490
峰度 Kurtosis kurtosis-0.068
角度范围 angular_range— – 0.3600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9672000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.734; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.938; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1c0la1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.4 — Nucleotide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.4.1 — Nucleotide-binding domain
家族 Family familyc.4.1.2 — D-aminoacid oxidase, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1c0la2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamilyd.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family familyd.16.1.3 — D-aminoacid oxidase-like
结构域编号 domain_idd1c0la3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1c0lA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1c0lA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology9 — D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)