1c2y

CRYSTAL STRUCTURES OF A PENTAMERIC FUNGAL AND AN ICOSAHEDRAL PLANT LUMAZINE SYNTHASE REVEALS THE STRUCTURAL BASIS FOR DIFFERENCES IN ASSEMBLY

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 156.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (LUMAZINE SYNTHASE)

Spinacia oleracea

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 67–222 链 B； UniProt 67–222 链 C； UniProt 67–222 链 D； UniProt 67–222 链 E； UniProt 67–222 链 F； UniProt 67–222 链 G； UniProt 67–222 链 H； UniProt 67–222 链 I； UniProt 67–222 链 J； UniProt 67–222 链 K； UniProt 67–222 链 L； UniProt 67–222 链 M； UniProt 67–222 链 N； UniProt 67–222 链 O； UniProt 67–222 链 P； UniProt 67–222 链 Q； UniProt 67–222 链 R； UniProt 67–222 链 S； UniProt 67–222 链 T； UniProt 67–222	未记录	LMZ 5-NITROSO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；0.1 M TRIS-HCL PH 7.6, 17 % PEG 1500, 5 % PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.30 Å R-free 0.326
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 67–222 链 B； UniProt 67–222 链 C； UniProt 67–222 链 D； UniProt 67–222 链 E； UniProt 67–222 链 F； UniProt 67–222 链 G； UniProt 67–222 链 H； UniProt 67–222 链 I； UniProt 67–222 链 J； UniProt 67–222 链 K； UniProt 67–222 链 L； UniProt 67–222 链 M； UniProt 67–222 链 N； UniProt 67–222 链 O； UniProt 67–222 链 P； UniProt 67–222 链 Q； UniProt 67–222 链 R； UniProt 67–222 链 S； UniProt 67–222 链 T； UniProt 67–222	未记录	LMZ 5-NITROSO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；0.1 M TRIS-HCL PH 7.6, 17 % PEG 1500, 5 % PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.30 Å R-free 0.326

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RISB_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 B； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 C； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 D； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 E； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 F； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 G； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 H； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 I； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 J； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 K； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 L； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 M； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 N； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 O； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 P； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 Q； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 R； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 S； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222 作者链 T； PDB构建体 1–156； UniProt 67–222

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c2y
沉积日期 deposition_date	1999-07-27
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURES OF A PENTAMERIC FUNGAL AND AN ICOSAHEDRAL PLANT LUMAZINE SYNTHASE REVEALS THE STRUCTURAL BASIS FOR DIFFERENCES IN ASSEMBLY
关键词 keywords	RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.15 Å
零角强度 I(0) i0	1656890000.00
分子量 molecular_weight	334700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	416560 Å³
包络体积 envelope_volume	535570 Å³
水化壳体积 shell_volume	88166 Å³
包络直径 envelope_diameter	158.0 Å
壳层 Rg shell_rg	56.09 Å
包络 Rg envelope_rg	47.83 Å
形状 Rg shape_rg	49.16 Å
总 Rg total_rg	49.29 Å
总原子数 total_atoms	23500
残基数 n_residues	3100
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	156.4 Å
Rg (实空间) rg_real	49.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2690e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1657000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8347
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.209
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.583
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	267300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d1c2ya_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2ye_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yk_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yl_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2ym_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yn_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yo_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yp_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yq_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yr_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2ys_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c2yt_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	1c2yA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yQ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yR00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yS00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c2yT00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	218.240 Å
晶胞边长 b length_b	218.240 Å
晶胞边长 c length_c	218.240 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	240

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	12.000 Å
R 因子 r_factor	0.3100
R_work r_work	0.3100
R_free r_free	0.3260

描述 description	PROTEIN (LUMAZINE SYNTHASE)
分子量 formula_weight	16552.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.78
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	23500

CRYSTAL STRUCTURES OF A PENTAMERIC FUNGAL AND AN ICOSAHEDRAL PLANT LUMAZINE SYNTHASE REVEALS THE STRUCTURAL BASIS FOR DIFFERENCES IN ASSEMBLY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (LUMAZINE SYNTHASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Spinacia oleracea
通用名 common_name	spinach
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	5-NITROSO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE
分子量 formula_weight	290.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

fit	/app/data/saxs_computation/c2/1c2y/1c2y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c2/1c2y/1c2y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c2/1c2y/1c2y.dat