1c3n
CRYSTAL STRUCTURE OF HELIANTHUS TUBEROSUS LECTIN COMPLEXED TO MAN(1-2)MAN
1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures
当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。
七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。
当前条目的 assembly 组成
| Assembly | 聚集状态 | 实体与构建体证据 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 其他组合 同源多聚体 蛋白 4 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 4 PDB 声明：tetrameric | 实体 1：AGGLUTININ × 4 实体 2：alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose × 4 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 | 未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；26-28% PEG MONOMETHYL ESTER 0.2 M MAGNESIUM ACETATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K | 分辨率 2.45 Å R-free 0.243 |
| 2 | 其他组合 同源多聚体 蛋白 8 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 8 PDB 声明：octameric | 实体 1：AGGLUTININ × 8 实体 2：alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose × 8 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 | 未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；26-28% PEG MONOMETHYL ESTER 0.2 M MAGNESIUM ACETATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K | 分辨率 2.45 Å R-free 0.243 |
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
2. 结构基本信息 2. Structure Basics
| 条目编号 entry_id | 1c3n |
| 沉积日期 deposition_date | 1999-07-28 |
| 结构标题 title | CRYSTAL STRUCTURE OF HELIANTHUS TUBEROSUS LECTIN COMPLEXED TO MAN(1-2)MAN |
| 关键词 keywords | AGGLUTININ, BETA-PRISM, MANNOSE, JACALIN-RELATED, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)
| 回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier | 15.64 Å |
| 回转半径 Rg (电子) rg_electron | 14.30 Å |
| 零角强度 I(0) i0 | 4462100.00 |
| 分子量 molecular_weight | 15557.0 kDa |
| 排除体积 excluded_volume | 19644 ų |
| 包络体积 envelope_volume | 21446 ų |
| 水化壳体积 shell_volume | 12760 ų |
| 包络直径 envelope_diameter | 49.0 Å |
| 壳层 Rg shell_rg | 20.16 Å |
| 包络 Rg envelope_rg | 14.66 Å |
| 形状 Rg shape_rg | 14.25 Å |
| 总 Rg total_rg | 15.61 Å |
| 总原子数 total_atoms | 1100 |
| 残基数 n_residues | 144 |
| 球谐函数阶数 n_harmonics | 20 |
| q 范围 q_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 数据点数 n_points | 101 |
| 壳层类型 shell_type | directional |
| 溶剂电子密度 solvent_density | 0.3340 e/ų |
| 壳层衬度 contrast_shell | 0.0300 e/ų |
| CRYSOL 版本 crysol_version | 4.1.3 |
4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)
| 最大尺寸 Dmax dmax | 50.0 Å |
| Rg (实空间) rg_real | 15.56 Å |
| Rg 误差 (实空间) rg_real_error | 0.28 Å |
| I(0) (实空间) i0_real | 4.4620e+06 |
| I(0) 误差 (实空间) i0_real_error | 5.1660e+04 |
| Rg (倒空间) rg_reciprocal | 15.57 Å |
| I(0) (倒空间) i0_reciprocal | 4462000.0000 |
| 解质量估计 total_estimate | 0.8908 |
| 解质量评级 solution_quality | GOOD a GOOD solution |
| P(r) 峰数 n_peaks | 2 |
| 主峰位置 r_peak_primary | 20.9 Å |
| 偏度 Skewness skewness | 0.186 |
| 峰度 Kurtosis kurtosis | -0.294 |
| 角度范围 angular_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 当前正则化参数 α current_alpha | 0.0000 |
| 最高正则化参数 α highest_alpha | 821400.0000 |
| 实空间数据点数 n_real_points | 80 |
| GNOM 版本 gnom_version | 4.1.3 |
| 质量判据 quality_criteria | AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.993 |
5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment
6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)
7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains
SCOP 2.08 (1 domains)
| 结构域编号 domain_id | d1c3na_ |
| 类 Class class | b — All beta proteins |
| 折叠类型 Fold fold | b.77 — beta-Prism I |
| 超家族 Superfamily superfamily | b.77.3 — Mannose-binding lectins |
| 家族 Family family | b.77.3.1 — Mannose-binding lectins |
CATH v4.4 (1 domains)
| 结构域编号 domain_id | 1c3nA00 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 100 — Aligned Prism |
| 拓扑 Topology topology | 10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 30 — Jacalin-like lectin domain |