SAXSdb — 1c3q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hydroxyethylthiazole kinase

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–272 链 B； UniProt 1–272 链 C； UniProt 1–272	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 TZE 2-(4-METHYL-THIAZOL-5-YL)-ETHANOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.6；100 MM TRIS, 20 % (W/V) PEG 8000, pH 8.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C3Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EKK CRYSTAL STRUCTURE OF HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE IN THE R3 FORM WITH HYDROXYETHYLTHIAZOLE 提交 2000-03-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–272（272 aa）	突变：C198(CSD) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TZE 2-(4-METHYL-THIAZOL-5-YL)-ETHANOL × 3 SO2 SULFUR DIOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM Tris, 100mM ammonium sulfate, 30% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
1EKK CRYSTAL STRUCTURE OF HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE IN THE R3 FORM WITH HYDROXYETHYLTHIAZOLE 提交 2000-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–272（272 aa）	突变：C198(CSD) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TZE 2-(4-METHYL-THIAZOL-5-YL)-ETHANOL × 1 SO2 SULFUR DIOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM Tris, 100mM ammonium sulfate, 30% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
1EKK CRYSTAL STRUCTURE OF HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE IN THE R3 FORM WITH HYDROXYETHYLTHIAZOLE 提交 2000-03-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–272（272 aa）	突变：C198(CSD) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TZE 2-(4-METHYL-THIAZOL-5-YL)-ETHANOL × 3 SO2 SULFUR DIOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM Tris, 100mM ammonium sulfate, 30% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
1EKQ CRYSTAL STRUCTURE OF HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE IN R3 SPACE GROUP 提交 2000-03-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–272（272 aa）	突变：C198(CSD) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM Tris, 100mM ammonium sulfate, 30% PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.251
1EKQ CRYSTAL STRUCTURE OF HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE IN R3 SPACE GROUP 提交 2000-03-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–272（272 aa）	突变：C198(CSD) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM Tris, 100mM ammonium sulfate, 30% PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.251
1ESJ CRYSTAL STRUCTURE OF THIAZOLE KINASE MUTANT (C198S) 提交 2000-04-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–272（272 aa）链 B 1–272（272 aa）链 C 1–272（272 aa）	突变：C198S 突变：C198S 突变：C198S	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；21% peg4k, 0.1M ammonium sulfate, 0.1 tris.HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 1.80 Å R-free 0.253
1ESQ CRYSTAL STRUCTURE OF THIAZOLE KINASE MUTANT (C198S) WITH ATP AND THIAZOLE PHOSPHATE. 提交 2000-04-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–272（272 aa）链 B 1–272（272 aa）链 C 1–272（272 aa）	突变：C198S 突变：C198S 突变：C198S	MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 TZP 4-METHYL-5-HYDROXYETHYLTHIAZOLE PHOSPHATE × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；21%PEG4K, 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Tris. HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 2.50 Å R-free 0.282

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THIM_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–284； UniProt 1–272 作者链 B； PDB构建体 13–284； UniProt 1–272 作者链 C； PDB构建体 13–284； UniProt 1–272

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c3q
沉积日期 deposition_date	1999-07-28
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE THIAZOLE KINASE IN THE MONOCLINIC FORM
关键词 keywords	ALPHA-BETA, ATP BINDING, KINASE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.22 Å
零角强度 I(0) i0	132038000.00
分子量 molecular_weight	89282.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111350 Å³
包络体积 envelope_volume	135560 Å³
水化壳体积 shell_volume	39969 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.1 Å
壳层 Rg shell_rg	35.89 Å
包络 Rg envelope_rg	27.54 Å
形状 Rg shape_rg	27.27 Å
总 Rg total_rg	27.88 Å
总原子数 total_atoms	6268
残基数 n_residues	852
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9033
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.183
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.477
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	36240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hydroxyethylthiazole kinase
分子量 formula_weight	29645.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.50
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	6475

MRGSHHHHHHGSMDAQSAAKCLTAVRRHSPLVHSITNNVVTNFTANGLLALGASPVMAYAKEEVADMAKIAGALVLNIGTLSKESVEAMIIAGKSANEHGVPVILDPVGAGATPFRTESARDIIREVRLAAIRGNAAEIAHTVGVTDWLIKGVDAGEGGGDIIRLAQQAAQKLNTVIAITGEVDVIADTSHVYTLHNGHKLLTKVTGAGCLLTSVVGAFCAVEENPLFAAIAAISSYGVAAQLAAQQTADKGPGSFQIELLNKLSTVTEQDVQEWATIERVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(4-METHYL-THIAZOL-5-YL)-ETHANOL
分子量 formula_weight	143.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	207

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1c3qa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.2 — Thiamin biosynthesis kinases

结构域编号 domain_id	d1c3qa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1c3qb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.2 — Thiamin biosynthesis kinases

结构域编号 domain_id	d1c3qb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1c3qc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.2 — Thiamin biosynthesis kinases

结构域编号 domain_id	d1c3qc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1c3qA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	1c3qB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	1c3qC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.920 Å
晶胞边长 b length_b	101.180 Å
晶胞边长 c length_c	73.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2060
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2420

fit	/app/data/saxs_computation/c3/1c3q/1c3q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c3/1c3q/1c3q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c3/1c3q/1c3q.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE THIAZOLE KINASE IN THE MONOCLINIC FORM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hydroxyethylthiazole kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction