1c41

CRYSTAL STRUCTURES OF A PENTAMERIC FUNGAL AND AN ICOSAHEDRAL PLANT LUMAZINE SYNTHASE REVEALS THE STRUCTURAL BASIS FOR DIFFERENCES IN ASSEMBLY

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 152.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LUMAZINE SYNTHASE

Magnaporthe grisea

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–200 链 B； UniProt 1–200 链 C； UniProt 1–200 链 D； UniProt 1–200 链 E； UniProt 1–200	未记录	SO4 SULFATE ION × 10 LMZ 5-NITROSO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.271
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–200 链 G； UniProt 1–200 链 H； UniProt 1–200 链 I； UniProt 1–200 链 J； UniProt 1–200	未记录	SO4 SULFATE ION × 10 LMZ 5-NITROSO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.271
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–200 链 B； UniProt 1–200 链 C； UniProt 1–200 链 D； UniProt 1–200 链 E； UniProt 1–200 链 F； UniProt 1–200 链 G； UniProt 1–200 链 H； UniProt 1–200 链 I； UniProt 1–200 链 J； UniProt 1–200	未记录	SO4 SULFATE ION × 20 LMZ 5-NITROSO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIB4_MAGGR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 B； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 C； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 D； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 E； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 F； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 G； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 H； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 I； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 J； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c41
沉积日期 deposition_date	1999-08-03
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURES OF A PENTAMERIC FUNGAL AND AN ICOSAHEDRAL PLANT LUMAZINE SYNTHASE REVEALS THE STRUCTURAL BASIS FOR DIFFERENCES IN ASSEMBLY
关键词 keywords	RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.86 Å
零角强度 I(0) i0	487971000.00
分子量 molecular_weight	181190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	225400 Å³
包络体积 envelope_volume	296340 Å³
水化壳体积 shell_volume	47258 Å³
包络直径 envelope_diameter	167.8 Å
壳层 Rg shell_rg	57.25 Å
包络 Rg envelope_rg	49.32 Å
形状 Rg shape_rg	50.85 Å
总 Rg total_rg	51.08 Å
总原子数 total_atoms	12730
残基数 n_residues	1650
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.4 Å
Rg (实空间) rg_real	51.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	487600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6819
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.277
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.069
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.426; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.579; Smooth: 0.003

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LUMAZINE SYNTHASE
分子量 formula_weight	21093.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.78
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	12740

MHTKGPTPQQHDGSALRIGIVHARWNETIIEPLLAGTKAKLLACGVKESNIVVQSVPGSWELPIAVQRLYSASQLQTPSSGPSLSAGDLLGSSTTDLTALPTTTASSTGPFDALIAIGVLIKGETMHFEYIADSVSHGLMRVQLDTGVPVIFGVLTVLTDDQAKARAGVIEGSHNHGEDWGLAAVEMGVRRRDWAAGKTE

来源 Source

来源生物 organism	Magnaporthe grisea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	148305
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5-NITROSO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE
分子量 formula_weight	290.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1c41a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c41b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c41c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c41d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c41e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c41f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c41g_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c41h_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c41i_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1c41j_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1c41A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c41B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c41C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c41D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c41E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c41F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c41G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c41H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c41I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1c41J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.800 Å
晶胞边长 b length_b	124.700 Å
晶胞边长 c length_c	141.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2480
R_work r_work	0.2480
R_free r_free	0.2710

fit	/app/data/saxs_computation/c4/1c41/1c41.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c4/1c41/1c41.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c4/1c41/1c41.dat