1c47

BINDING DRIVEN STRUCTURAL CHANGES IN CRYSTALINE PHOSPHOGLUCOMUTASE ASSOCIATED WITH CHEMICAL REACTION

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 131.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-D-GLUCOSE 1,6-BISPHOSPHATE PHOSPHOTRANSFERASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–562 链 B； UniProt 2–562	未记录	G16 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C47	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C4G PHOSPHOGLUCOMUTASE VANADATE BASED TRANSITION STATE ANALOG COMPLEX 提交 1999-08-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–562（561 aa）链 B 2–562（561 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 VG1 ALPHA-D-GLUCOSE-1-PHOSPHATE-6-VANADATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.290
1JDY RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE 提交 1996-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–561（561 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
1JDY RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE 提交 1996-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–561（561 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
1LXT STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE PHOSPHOGLUCOMUTASE FROM RABBIT 提交 1996-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–561（561 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
1LXT STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE PHOSPHOGLUCOMUTASE FROM RABBIT 提交 1996-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–561（561 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
1VKL RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE 提交 1996-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–561（561 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 2.70 Å R-free 0.210
1VKL RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE 提交 1996-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–561（561 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 2.70 Å R-free 0.210
3PMG STRUCTURE OF RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION. USE OF FREEZING POINT DEPRESSANT AND REDUCED TEMPERATURE TO ENHANCE DIFFRACTIVITY 提交 1995-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–561（561 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.191
3PMG STRUCTURE OF RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION. USE OF FREEZING POINT DEPRESSANT AND REDUCED TEMPERATURE TO ENHANCE DIFFRACTIVITY 提交 1995-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–561（561 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.191

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PGMU_RABIT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–561； UniProt 2–562 作者链 B； PDB构建体 1–561； UniProt 2–562

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c47
沉积日期 deposition_date	1999-08-11
结构标题 title	BINDING DRIVEN STRUCTURAL CHANGES IN CRYSTALINE PHOSPHOGLUCOMUTASE ASSOCIATED WITH CHEMICAL REACTION
关键词 keywords	PHOSPHOGLUCOMUTASE, PHOSPHOTRANSFERASE WITH BOUND REACTION INTERMEDIATE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.89 Å
零角强度 I(0) i0	229293000.00
分子量 molecular_weight	123410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	154890 Å³
包络体积 envelope_volume	193860 Å³
水化壳体积 shell_volume	44932 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.2 Å
壳层 Rg shell_rg	41.24 Å
包络 Rg envelope_rg	37.03 Å
形状 Rg shape_rg	36.91 Å
总 Rg total_rg	37.12 Å
总原子数 total_atoms	8680
残基数 n_residues	1122
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.4 Å
Rg (实空间) rg_real	37.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	229200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8176
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.571
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.134
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	69890000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.693; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.721; Smooth: 0.825

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ALPHA-D-GLUCOSE 1,6-BISPHOSPHATE PHOSPHOTRANSFERASE
分子量 formula_weight	61499.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.5.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8828

VKIVTVKTKAYPDQKPGTSGLRKRVKVFQSSTNYAENFIQSIISTVEPAQRQEATLVVGGDGRFYMKEAIQLIVRIAAANGIGRLVIGQNGILSTPAVSCIIRKIKAIGGIILTASHNPGGPNGDFGIKFNISNGGPAPEAITDKIFQISKTIEEYAICPDLKVDLGVLGKQQFDLENKFKPFTVEIVDSVEAYATMLRNIFDFNALKELLSGPNRLKIRIDAMHGVVGPYVKKILCEELGAPANSAVNCVPLEDFGGHHPDPNLTYAADLVETMKSGEHDFGAAFDGDGDRNMILGKHGFFVNPSDSVAVIAANIFSIPYFQQTGVRGFARSMPTSGALDRVANATKIALYETPTGWKFFGNLMDASKLSLCGEESFGTGSDHIREKDGLWAVLAWLSILATRKQSVEDILKDHWHKFGRNFFTRYDYEEVEAEGATKMMKDLEALMFDRSFVGKQFSANDKVYTVEKADNFEYHDPVDGSVSKNQGLRLIFADGSRIIFRLSGTGSAGATIRLYIDSYEKDNAKINQDPQVMLAPLISIALKVSQLQERTGRTAPTVIT

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	339.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	148

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1c47a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamily	c.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family family	c.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains

结构域编号 domain_id	d1c47a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamily	c.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family family	c.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains

结构域编号 domain_id	d1c47a3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamily	c.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family family	c.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains

结构域编号 domain_id	d1c47a4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.2 — Phosphoglucomutase, C-terminal domain
家族 Family family	d.129.2.1 — Phosphoglucomutase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c47b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamily	c.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family family	c.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains

结构域编号 domain_id	d1c47b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamily	c.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family family	c.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains

结构域编号 domain_id	d1c47b3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamily	c.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family family	c.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains

结构域编号 domain_id	d1c47b4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.2 — Phosphoglucomutase, C-terminal domain
家族 Family family	d.129.2.1 — Phosphoglucomutase, C-terminal domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1c47A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1c47A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1c47A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1c47A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1c47B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1c47B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1c47B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1c47B04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain

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8. 引用文献 (7)

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晶胞边长 a length_a	174.420 Å
晶胞边长 b length_b	174.420 Å
晶胞边长 c length_c	101.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1830
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/c4/1c47/1c47.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c4/1c47/1c47.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c4/1c47/1c47.dat