SAXSdb — 1c4d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	聚集状态	实体与构建体证据	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 2 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：dimeric	实体 1：GRAMICIDIN A × 2 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CS CESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 MOH METHANOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：25 MG/ML GRAMICIDIN IN 53 MM CSCL IN METHANOL AT 10C FOR 3 MONTHS, BATCH METHOD, TEMPERATURE 283K	分辨率 2.00 Å
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 2 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：dimeric	实体 1：GRAMICIDIN A × 2 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CS CESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 MOH METHANOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：25 MG/ML GRAMICIDIN IN 53 MM CSCL IN METHANOL AT 10C FOR 3 MONTHS, BATCH METHOD, TEMPERATURE 283K	分辨率 2.00 Å

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c4d
沉积日期 deposition_date	1999-06-04
结构标题 title	GRAMICIDIN CSCL COMPLEX
关键词 keywords	ANTIBIOTIC, GRAMICIDIN, ANTIFUNGAL, ANTIBACTERIAL, DOUBLE HELIX, MEMBRANE ION CHANNEL, LINEAR GRAMICIDIN; ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.76 Å
零角强度 I(0) i0	894575.00
分子量 molecular_weight	9250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12473 Å³
包络体积 envelope_volume	10884 Å³
水化壳体积 shell_volume	8193 Å³
包络直径 envelope_diameter	40.4 Å
壳层 Rg shell_rg	16.89 Å
包络 Rg envelope_rg	12.09 Å
形状 Rg shape_rg	11.74 Å
总 Rg total_rg	13.50 Å
总原子数 total_atoms	584
残基数 n_residues	32
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	43.5 Å
Rg (实空间) rg_real	12.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9460e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0820e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	894600.0000
解质量估计 total_estimate	0.7843
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.053
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.585
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22960.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.905; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GRAMICIDIN A
分子量 formula_weight	1882.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	604

VGALAVVVWLWLWLWX

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CESIUM ION
分子量 formula_weight	132.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	METHANOL
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1c4da_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
超家族 Superfamily superfamily	j.1.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
家族 Family family	j.1.1.1 — Gramicidin

结构域编号 domain_id	d1c4db_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
超家族 Superfamily superfamily	j.1.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
家族 Family family	j.1.1.1 — Gramicidin

结构域编号 domain_id	d1c4dc_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
超家族 Superfamily superfamily	j.1.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
家族 Family family	j.1.1.1 — Gramicidin

结构域编号 domain_id	d1c4dd_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
超家族 Superfamily superfamily	j.1.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
家族 Family family	j.1.1.1 — Gramicidin

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	32.118 Å
晶胞边长 b length_b	52.103 Å
晶胞边长 c length_c	31.174 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	5.000 Å
R 因子 r_factor	0.2320
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/c4/1c4d/1c4d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c4/1c4d/1c4d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c4/1c4d/1c4d.dat

GRAMICIDIN CSCL COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction