1c4g

PHOSPHOGLUCOMUTASE VANADATE BASED TRANSITION STATE ANALOG COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.7 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ALPHA-D-GLUCOSE 1-PHOSPHATE PHOSPHOGLUCOMUTASE)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–562 链 B； UniProt 2–562	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 VG1 ALPHA-D-GLUCOSE-1-PHOSPHATE-6-VANADATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C4G	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C47 BINDING DRIVEN STRUCTURAL CHANGES IN CRYSTALINE PHOSPHOGLUCOMUTASE ASSOCIATED WITH CHEMICAL REACTION 提交 1999-08-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–562（561 aa）链 B 2–562（561 aa）	未记录	G16 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
1JDY RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE 提交 1996-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–561（561 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
1JDY RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE 提交 1996-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–561（561 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
1LXT STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE PHOSPHOGLUCOMUTASE FROM RABBIT 提交 1996-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–561（561 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
1LXT STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE PHOSPHOGLUCOMUTASE FROM RABBIT 提交 1996-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–561（561 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
1VKL RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE 提交 1996-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–561（561 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 2.70 Å R-free 0.210
1VKL RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE 提交 1996-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–561（561 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 2.70 Å R-free 0.210
3PMG STRUCTURE OF RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION. USE OF FREEZING POINT DEPRESSANT AND REDUCED TEMPERATURE TO ENHANCE DIFFRACTIVITY 提交 1995-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–561（561 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.191
3PMG STRUCTURE OF RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION. USE OF FREEZING POINT DEPRESSANT AND REDUCED TEMPERATURE TO ENHANCE DIFFRACTIVITY 提交 1995-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–561（561 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.191

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PGMU_RABIT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–561； UniProt 2–562 作者链 B； PDB构建体 1–561； UniProt 2–562

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c4g
沉积日期 deposition_date	1999-08-24
结构标题 title	PHOSPHOGLUCOMUTASE VANADATE BASED TRANSITION STATE ANALOG COMPLEX
关键词 keywords	PHOSPHOGLUCOMUTASE, PHOSPHOTRANSFERASE INHIBITOR SUBSTRATE COMPLEX, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.01 Å
零角强度 I(0) i0	228033000.00
分子量 molecular_weight	123270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	154870 Å³
包络体积 envelope_volume	200540 Å³
水化壳体积 shell_volume	45947 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.6 Å
壳层 Rg shell_rg	41.55 Å
包络 Rg envelope_rg	37.57 Å
形状 Rg shape_rg	37.02 Å
总 Rg total_rg	37.28 Å
总原子数 total_atoms	8679
残基数 n_residues	1122
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	228000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8130
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.586
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.083
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	89740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.663; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.694; Smooth: 0.882

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (ALPHA-D-GLUCOSE 1-PHOSPHATE PHOSPHOGLUCOMUTASE)
分子量 formula_weight	61499.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.5.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8877

VKIVTVKTKAYPDQKPGTSGLRKRVKVFQSSTNYAENFIQSIISTVEPAQRQEATLVVGGDGRFYMKEAIQLIVRIAAANGIGRLVIGQNGILSTPAVSCIIRKIKAIGGIILTASHNPGGPNGDFGIKFNISNGGPAPEAITDKIFQISKTIEEYAICPDLKVDLGVLGKQQFDLENKFKPFTVEIVDSVEAYATMLRNIFDFNALKELLSGPNRLKIRIDAMHGVVGPYVKKILCEELGAPANSAVNCVPLEDFGGHHPDPNLTYAADLVETMKSGEHDFGAAFDGDGDRNMILGKHGFFVNPSDSVAVIAANIFSIPYFQQTGVRGFARSMPTSGALDRVANATKIALYETPTGWKFFGNLMDASKLSLCGEESFGTGSDHIREKDGLWAVLAWLSILATRKQSVEDILKDHWHKFGRNFFTRYDYEEVEAEGATKMMKDLEALMFDRSFVGKQFSANDKVYTVEKADNFEYHDPVDGSVSKNQGLRLIFADGSRIIFRLSGTGSAGATIRLYIDSYEKDNAKINQDPQVMLAPLISIALKVSQLQERTGRTAPTVIT

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ALPHA-D-GLUCOSE-1-PHOSPHATE-6-VANADATE
分子量 formula_weight	359.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	198

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1c4ga1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamily	c.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family family	c.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains

结构域编号 domain_id	d1c4ga2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamily	c.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family family	c.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains

结构域编号 domain_id	d1c4ga3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamily	c.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family family	c.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains

结构域编号 domain_id	d1c4ga4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.2 — Phosphoglucomutase, C-terminal domain
家族 Family family	d.129.2.1 — Phosphoglucomutase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c4gb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamily	c.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family family	c.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains

结构域编号 domain_id	d1c4gb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamily	c.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family family	c.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains

结构域编号 domain_id	d1c4gb3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamily	c.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family family	c.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains

结构域编号 domain_id	d1c4gb4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.2 — Phosphoglucomutase, C-terminal domain
家族 Family family	d.129.2.1 — Phosphoglucomutase, C-terminal domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1c4gA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1c4gA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1c4gA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1c4gA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1c4gB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1c4gB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1c4gB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1c4gB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain

▶

8. 引用文献 (8)

Structural Relationships at the Active Site of Phos in Analog Complexes

To be Published

PRIMARY

Structure of Rabbit Muscle Phosphoglucomutase at 2.4 A Resolution

Acta Crystallogr.,Sect.D (1997)

DOI: 10.1107/S0907444997000875

ENHANCED DIFFRACTIVITY OF PHOSPHOGLUCOMUTASE CRYSTALS - USE OF AN ALTERNATE CRYOCRYSTALLOGRAPHIC PROCEDURE

Acta Crystallogr.,Sect.D (1997)

Structural Changes at the Metal Ion Binding Site During the Phosphoglucomutase Reaction

Biochemistry (1993)

The Crystal Structure of Phosphoglucomutase Refined at 2.7 A Resolution

J.Biol.Chem. (1992)

;Characterization of a Vanadate-Based Transition-St 2 Analog Complex by Kinetic and Equilibrium Binding 3 Studies: Mechanistic Implications ;

Biochemistry (1990)

The Catalytic Activity of Muscle Phosphoglucomutase in the Crystalline Phase

J.Biol.Chem. (1986)

The Structure of Rabbit Muscle Phosphoglucomutase at Intermediate Resolution