1c51

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER AND CORE ANTENNA SYSTEM (TRIMERIC), ALPHA CARBON ONLY

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 117.5 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	聚集状态	实体与构建体证据	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 24 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：24-meric	实体 1：PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAA) × 3 实体 2：PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAB ) × 3 实体 3：PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAC) × 3 实体 4：PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAD) × 3 实体 5：PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAE) × 3 实体 6：PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAF) × 3 实体 7：PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAK) × 3 实体 8：PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAL) × 3 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	未记录	CLA CHLOROPHYLL A × 216 PQN PHYLLOQUINONE × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.4；pH 6.4	分辨率 4.00 Å

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c51
沉积日期 deposition_date	1999-10-21
结构标题 title	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER AND CORE ANTENNA SYSTEM (TRIMERIC), ALPHA CARBON ONLY
关键词 keywords	;PHOTOSYNTHESIS, PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER, OXYGENIC PHOTOSYNTHESIS, CORE- ANTENNA LIGHT-HARVESTING SYSTEM, THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM, HELIX-BUNDLE MEMBRANE PROTEIN, PHOTOSYNTHESIS-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX ;; PHOTOSYNTHESIS/ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.09 Å
零角强度 I(0) i0	765476000.00
分子量 molecular_weight	227390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	434350 Å³
包络体积 envelope_volume	317590 Å³
水化壳体积 shell_volume	67478 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.8 Å
壳层 Rg shell_rg	45.25 Å
包络 Rg envelope_rg	37.72 Å
形状 Rg shape_rg	38.59 Å
总 Rg total_rg	40.84 Å
总原子数 total_atoms	1828
残基数 n_residues	—
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.5 Å
Rg (实空间) rg_real	40.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0090e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	765600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9035
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.173
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.435
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	157600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.950; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.937

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAA)
分子量 formula_weight	50825.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3672

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAB )
分子量 formula_weight	52698.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAC)
分子量 formula_weight	6571.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAD)
分子量 formula_weight	10656.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAE)
分子量 formula_weight	6400.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAF)
分子量 formula_weight	13039.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAK)
分子量 formula_weight	6656.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	PROTEIN (PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAL)
分子量 formula_weight	10230.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	72

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1c51a_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1c51b_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1c51c_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1c51d_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1c51e_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1c51f_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1c51k_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1c51l_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

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8. 引用文献 (6)

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晶胞边长 a length_a	286.000 Å
晶胞边长 b length_b	286.000 Å
晶胞边长 c length_c	167.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.000 Å
最低分辨率 resolution_low	60.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/c5/1c51/1c51.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c5/1c51/1c51.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c5/1c51/1c51.dat

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER AND CORE ANTENNA SYSTEM (TRIMERIC), ALPHA CARBON ONLY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

8. 引用文献 (6)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)