SAXSdb — 1c6v

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SIV INTEGRASE)

Simian immunodeficiency virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 813–976 链 B； UniProt 813–976 链 C； UniProt 813–976 链 D； UniProt 813–976	片段：RESIDUES 813-976 突变：F185H	PROTEIN (SIU89134) × 1 （Q87706）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.7；0.1 M MES, PH=5.7, PEG6K 8%, 15% DIOXANE	分辨率 3.00 Å R-free 0.362

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C6V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2SAM STRUCTURE OF THE PROTEASE FROM SIMIAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS: COMPLEX WITH AN IRREVERSIBLE NON-PEPTIDE INHIBITOR 提交 1994-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 106–203（98 aa）	未记录	EPN 3-(4-NITRO-PHENOXY)-PROPAN-1-OL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q88016_SIVCZ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 813–976 作者链 B； PDB构建体 1–164； UniProt 813–976 作者链 C； PDB构建体 1–164； UniProt 813–976 作者链 D； PDB构建体 1–164； UniProt 813–976

PROTEIN (SIU89134)

Simian immunodeficiency virus

UniProt Q87706

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 979–1059	片段：RESIDUES 979-1059	PROTEIN (SIV INTEGRASE) × 4 （Q88016）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.7；0.1 M MES, PH=5.7, PEG6K 8%, 15% DIOXANE	分辨率 3.00 Å R-free 0.362

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C6V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1SIP ALTERNATIVE NATIVE FLAP CONFORMATION REVEALED BY 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF SIV PROTEINASE 提交 1994-04-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 106–203（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q87706_SIVCZ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–81； UniProt 979–1059

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c6v
沉积日期 deposition_date	1999-12-21
结构标题 title	SIV INTEGRASE (CATALYTIC DOMAIN + DNA BIDING DOMAIN COMPRISING RESIDUES 50-293) MUTANT WITH PHE 185 REPLACED BY HIS (F185H)
关键词 keywords	DNA INTEGRATION, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.38 Å
零角强度 I(0) i0	84275000.00
分子量 molecular_weight	70704.0 kDa
排除体积 excluded_volume	88035 Å³
包络体积 envelope_volume	113820 Å³
水化壳体积 shell_volume	32895 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.01 Å
包络 Rg envelope_rg	29.04 Å
形状 Rg shape_rg	29.37 Å
总 Rg total_rg	30.06 Å
总原子数 total_atoms	4964
残基数 n_residues	630
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	84270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8809
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.358
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.798

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (SIV INTEGRASE)
分子量 formula_weight	18406.0 kDa
突变 mutation	F185H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5030

IHGQVNSDLGTWQMDCTHLEGKIVIVAVHVASGFIEAEVIPQETGRQTALFLLKLAGRWPITHLHTDNGANFASQEVKMVAWWAGIEHTFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQIDRIREQANSVETIVLMAVHCMNHKRRGGIGDMTPAERLINMITTEQEIQFQ

来源 Source

来源生物 organism	Simian immunodeficiency virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11723
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K12

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (SIU89134)
分子量 formula_weight	9185.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

QQSKNSKFKNFRVYYREGRDQLWKGPGELLWKGEGAVLLKVGTDIKVVPRRKAKIIKDYGGGKEVDSSSHMEDTGEAREVA

来源 Source

来源生物 organism	Simian immunodeficiency virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11723
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K12

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	66

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1c6va_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.2 — Retroviral integrase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1c6vb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.2 — Retroviral integrase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1c6vc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.2 — Retroviral integrase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1c6vd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.2 — Retroviral integrase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1c6vx_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.7 — DNA-binding domain of retroviral integrase
家族 Family family	b.34.7.1 — DNA-binding domain of retroviral integrase

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1c6vA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	1c6vB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	1c6vC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	1c6vD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	1c6vX00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.570 Å
晶胞边长 b length_b	100.000 Å
晶胞边长 c length_c	150.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.3620

fit	/app/data/saxs_computation/c6/1c6v/1c6v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c6/1c6v/1c6v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c6/1c6v/1c6v.dat

SIV INTEGRASE (CATALYTIC DOMAIN + DNA BIDING DOMAIN COMPRISING RESIDUES 50-293) MUTANT WITH PHE 185 REPLACED BY HIS (F185H)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SIV INTEGRASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (SIU89134)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)