1c6v

SIV INTEGRASE (CATALYTIC DOMAIN + DNA BIDING DOMAIN COMPRISING RESIDUES 50-293) MUTANT WITH PHE 185 REPLACED BY HIS (F185H)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SIV INTEGRASE)

Simian immunodeficiency virus

UniProt Q88016

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 5 PROTEIN (SIU89134) × 1 (Q87706) water × 5 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q88016_SIVCZ
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–164; UniProt 813–976 作者链 B; PDB构建体 1–164; UniProt 813–976 作者链 C; PDB构建体 1–164; UniProt 813–976 作者链 D; PDB构建体 1–164; UniProt 813–976

PROTEIN (SIU89134)

Simian immunodeficiency virus

UniProt Q87706

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 5 PROTEIN (SIV INTEGRASE) × 4 (Q88016) water × 5 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q87706_SIVCZ
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–81; UniProt 979–1059

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1c6v
沉积日期 deposition_date1999-12-21
结构标题 titleSIV INTEGRASE (CATALYTIC DOMAIN + DNA BIDING DOMAIN COMPRISING RESIDUES 50-293) MUTANT WITH PHE 185 REPLACED BY HIS (F185H)
关键词 keywordsDNA INTEGRATION, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1c6v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1c6v__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1c6v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)30.05 Å
Rg(电子密度)29.38 Å
总 Rg30.06 Å
原子数4964
残基数630
排除体积88035 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1c6v__assembly_1__model_1 pentameric (5) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1c6va_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family familyc.55.3.2 — Retroviral integrase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd1c6vb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family familyc.55.3.2 — Retroviral integrase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd1c6vc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family familyc.55.3.2 — Retroviral integrase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd1c6vd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family familyc.55.3.2 — Retroviral integrase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd1c6vx_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.7 — DNA-binding domain of retroviral integrase
家族 Family familyb.34.7.1 — DNA-binding domain of retroviral integrase

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1c6vA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id1c6vB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id1c6vC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id1c6vD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id1c6vX00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral
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7. 引用文献 (1)