1c70

ALTERNATE BINDING SITE FOR THE P1-P3 GROUP OF A CLASS OF POTENT HIV-1 PROTEASE INHIBITORS AS A RESULT OF CONCERTED STRUCTURAL CHANGE IN 80'S LOOP.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 63.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PROTEASE)

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–99 链 B； UniProt 1–99	未记录	L75 N-[2(R)-HYDROXY-1(S)-INDANYL]-2(R)-PHENYLMETHYL-4(S)-HYDROXY-5-[4-[2-BENZOFURANYLMETHYL]-2(S)-[TERT-BUTYLAMINOCARBONYL]-PIPERAZINYL]-PENTANEAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O92103_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c70
沉积日期 deposition_date	1999-12-29
结构标题 title	ALTERNATE BINDING SITE FOR THE P1-P3 GROUP OF A CLASS OF POTENT HIV-1 PROTEASE INHIBITORS AS A RESULT OF CONCERTED STRUCTURAL CHANGE IN 80'S LOOP.
关键词 keywords	hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.27 Å
零角强度 I(0) i0	7839000.00
分子量 molecular_weight	22209.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28587 Å³
包络体积 envelope_volume	31975 Å³
水化壳体积 shell_volume	15850 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.8 Å
壳层 Rg shell_rg	23.04 Å
包络 Rg envelope_rg	17.62 Å
形状 Rg shape_rg	17.26 Å
总 Rg total_rg	18.30 Å
总原子数 total_atoms	1562
残基数 n_residues	198
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.0 Å
Rg (实空间) rg_real	18.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8390e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8440e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7839000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8616
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.348
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.241
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.738; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (PROTEASE)
分子量 formula_weight	10803.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1668

PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;N-[2(R)-HYDROXY-1(S)-INDANYL]-2(R)-PHENYLMETHYL-4(S)-HYDROXY-5-[4-[2-BENZOFURANYLMETHYL]-2(S)-[TERT-BUTYLAMINOCARBONYL]-PIPERAZINYL]-PENTANEAMIDE ;
分子量 formula_weight	652.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	106

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1c70a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

结构域编号 domain_id	d1c70b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1c70A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	1c70B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.860 Å
晶胞边长 b length_b	87.120 Å
晶胞边长 c length_c	46.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1600
R_work r_work	0.1600
R_free r_free	0.2700

fit	/app/data/saxs_computation/c7/1c70/1c70.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c7/1c70/1c70.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c7/1c70/1c70.dat