1c72

TYR115, GLN165 AND TRP209 CONTRIBUTE TO THE 1,2-EPOXY-3-(P-NITROPHENOXY)PROPANE CONJUGATING ACTIVITIES OF GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CGSTM1-1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)

Gallus gallus

UniProt P20136

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–220 链 B； UniProt 2–220	未记录	EPY 1-HYDROXY-2-S-GLUTATHIONYL-3-PARA-NITROPHENOXY-PROPANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–220 链 D； UniProt 2–220	未记录	EPY 1-HYDROXY-2-S-GLUTATHIONYL-3-PARA-NITROPHENOXY-PROPANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C72	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GSU AN AVIAN CLASS-MU GLUTATHIONE S-TRANSFERASE, CGSTM1-1 AT 1.94 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-09-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–219（219 aa）链 B 1–219（219 aa）	未记录	GTX S-HEXYLGLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.94 Å R-free 0.290

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSTM2_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–219； UniProt 2–220 作者链 B； PDB构建体 1–219； UniProt 2–220 作者链 C； PDB构建体 1–219； UniProt 2–220 作者链 D； PDB构建体 1–219； UniProt 2–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c72
沉积日期 deposition_date	2000-02-02
结构标题 title	TYR115, GLN165 AND TRP209 CONTRIBUTE TO THE 1,2-EPOXY-3-(P-NITROPHENOXY)PROPANE CONJUGATING ACTIVITIES OF GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CGSTM1-1
关键词 keywords	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE, 1, 2-EPOXY-3-(P-NITROPHENOXY)PROPANE, EPOXIDASE ACTIVITY, STEADY-STATE KINETICS, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.76 Å
零角强度 I(0) i0	158167000.00
分子量 molecular_weight	103900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	131080 Å³
包络体积 envelope_volume	166960 Å³
水化壳体积 shell_volume	41108 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.23 Å
包络 Rg envelope_rg	34.32 Å
形状 Rg shape_rg	34.75 Å
总 Rg total_rg	35.17 Å
总原子数 total_atoms	7332
残基数 n_residues	868
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.0 Å
Rg (实空间) rg_real	35.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	158200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6586
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.434
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.587
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	75300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.778; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.186; Positv: 1.000; Valcen: 0.915; Smooth: 0.751

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
分子量 formula_weight	25779.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7490

VVTLGYWDIRGLAHAIRLLLEYTETPYQERRYKAGPAPDFDPSDWTNEKEKLGLDFPNLPYLIDGDVKLTQSNAILRYIARKHNMCGETEVEKQRVDVLENHLMDLRMAFARLCYSPDFEKLKPAYLELLPGKLRQLSRFLGSRSWFVGDKLTFVDFLAYDVLDQQRMFVPDCPELQGNLSQFLQRFEALEKISAYMRSGRFMKAPIFWYTALWNNKKE

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1-HYDROXY-2-S-GLUTATHIONYL-3-PARA-NITROPHENOXY-PROPANE
分子量 formula_weight	502.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	158

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1c72a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c72a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c72b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c72b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c72c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c72c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c72d1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c72d2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1c72A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1c72A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1c72B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1c72B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1c72C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1c72C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1c72D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1c72D02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	125.600 Å
晶胞边长 b length_b	136.650 Å
晶胞边长 c length_c	125.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	31.000 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2800

fit	/app/data/saxs_computation/c7/1c72/1c72.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c7/1c72/1c72.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c7/1c72/1c72.dat