1c8b

CRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL GERMINATION PROTEASE FROM SPORES OF BACILLUS MEGATERIUM: STRUCTURAL REARRANGEMENTS AND ZYMOGEN ACTIVATION

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.0 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SPORE PROTEASE

Bacillus megaterium

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–371 链 B； UniProt 1–371	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 7.4；293 K；SODIUM CITRATE, SODIUM HEPES, pH 7.4, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.330
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–371 链 B； UniProt 1–371	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 7.4；293 K；SODIUM CITRATE, SODIUM HEPES, pH 7.4, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.330

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPR_BACME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 B； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c8b
沉积日期 deposition_date	2000-05-03
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL GERMINATION PROTEASE FROM SPORES OF BACILLUS MEGATERIUM: STRUCTURAL REARRANGEMENTS AND ZYMOGEN ACTIVATION
关键词 keywords	NOVEL FOLD, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.20 Å
零角强度 I(0) i0	66435500.00
分子量 molecular_weight	61441.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76187 Å³
包络体积 envelope_volume	104580 Å³
水化壳体积 shell_volume	32169 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.25 Å
包络 Rg envelope_rg	27.25 Å
形状 Rg shape_rg	27.27 Å
总 Rg total_rg	27.77 Å
总原子数 total_atoms	4328
残基数 n_residues	640
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.0 Å
Rg (实空间) rg_real	28.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1410e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9044
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.284
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.533
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.955

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1c8ba_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.1 — HybD-like
家族 Family family	c.56.1.2 — Germination protease

结构域编号 domain_id	d1c8bb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.1 — HybD-like
家族 Family family	c.56.1.2 — Germination protease

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1c8bA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1450 — HybD-like

结构域编号 domain_id	1c8bB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1450 — HybD-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.410 Å
晶胞边长 b length_b	77.410 Å
晶胞边长 c length_c	313.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.3080
R_free r_free	0.3300

描述 description	SPORE PROTEASE
分子量 formula_weight	40673.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4454

CRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL GERMINATION PROTEASE FROM SPORES OF BACILLUS MEGATERIUM: STRUCTURAL REARRANGEMENTS AND ZYMOGEN ACTIVATION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SPORE PROTEASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Bacillus megaterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1404
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	126

fit	/app/data/saxs_computation/c8/1c8b/1c8b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c8/1c8b/1c8b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c8/1c8b/1c8b.dat