1c8h
CANINE PARVOVIRUS STRAIN D EMPTY CAPSID STRUCTURE AT PH 5.5
1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures
当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。
七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。
当前条目的 assembly 组成
| Assembly | 聚集状态 | 实体与构建体证据 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 60 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：complete icosahedral assembly | 实体 1：CANINE PARVOVIRUS CAPSID × 60 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 | 实体 1突变：K386Q | CA CALCIUM ION × 120 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 8 mM CaCl2, 20 mM Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | 分辨率 3.50 Å |
| 2 | 蛋白单体 单体 蛋白 1 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：monomeric | 实体 1：CANINE PARVOVIRUS CAPSID × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 | 实体 1突变：K386Q | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 8 mM CaCl2, 20 mM Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | 分辨率 3.50 Å |
| 3 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 5 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：pentameric | 实体 1：CANINE PARVOVIRUS CAPSID × 5 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 | 实体 1突变：K386Q | CA CALCIUM ION × 10 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 8 mM CaCl2, 20 mM Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | 分辨率 3.50 Å |
| 4 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 6 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：hexameric | 实体 1：CANINE PARVOVIRUS CAPSID × 6 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 | 实体 1突变：K386Q | CA CALCIUM ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 8 mM CaCl2, 20 mM Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | 分辨率 3.50 Å |
| 5 | 蛋白单体 单体 蛋白 1 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：monomeric | 实体 1：CANINE PARVOVIRUS CAPSID × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 | 实体 1突变：K386Q | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 8 mM CaCl2, 20 mM Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | 分辨率 3.50 Å |
| 6 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 120 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：120-meric | 实体 1：CANINE PARVOVIRUS CAPSID × 120 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 | 实体 1突变：K386Q | CA CALCIUM ION × 240 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 8 mM CaCl2, 20 mM Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | 分辨率 3.50 Å |
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
2. 结构基本信息 2. Structure Basics
| 条目编号 entry_id | 1c8h |
| 沉积日期 deposition_date | 2000-05-05 |
| 结构标题 title | CANINE PARVOVIRUS STRAIN D EMPTY CAPSID STRUCTURE AT PH 5.5 |
| 关键词 keywords | beta barrel, viral capsid, icosahedral symmetry, Icosahedral virus, Virus; VIRUS |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)
| 回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier | 29.09 Å |
| 回转半径 Rg (电子) rg_electron | 28.39 Å |
| 零角强度 I(0) i0 | 62784800.00 |
| 分子量 molecular_weight | 61177.0 kDa |
| 排除体积 excluded_volume | 76177 ų |
| 包络体积 envelope_volume | 106440 ų |
| 水化壳体积 shell_volume | 32210 ų |
| 包络直径 envelope_diameter | 107.0 Å |
| 壳层 Rg shell_rg | 34.33 Å |
| 包络 Rg envelope_rg | 28.85 Å |
| 形状 Rg shape_rg | 28.36 Å |
| 总 Rg total_rg | 29.13 Å |
| 总原子数 total_atoms | 4321 |
| 残基数 n_residues | 544 |
| 球谐函数阶数 n_harmonics | 20 |
| q 范围 q_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 数据点数 n_points | 101 |
| 壳层类型 shell_type | directional |
| 溶剂电子密度 solvent_density | 0.3340 e/ų |
| 壳层衬度 contrast_shell | 0.0300 e/ų |
| CRYSOL 版本 crysol_version | 4.1.3 |
4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)
| 最大尺寸 Dmax dmax | 102.5 Å |
| Rg (实空间) rg_real | 29.18 Å |
| Rg 误差 (实空间) rg_real_error | 1.04 Å |
| I(0) (实空间) i0_real | 6.2780e+07 |
| I(0) 误差 (实空间) i0_real_error | 1.0080e+06 |
| Rg (倒空间) rg_reciprocal | 29.14 Å |
| I(0) (倒空间) i0_reciprocal | 62780000.0000 |
| 解质量估计 total_estimate | 0.6311 |
| 解质量评级 solution_quality | REASONABLE a REASONABLE solution |
| P(r) 峰数 n_peaks | 2 |
| 主峰位置 r_peak_primary | 33.5 Å |
| 偏度 Skewness skewness | 0.511 |
| 峰度 Kurtosis kurtosis | 0.096 |
| 角度范围 angular_range | — – 0.2750 Å−1 |
| 当前正则化参数 α current_alpha | 0.0000 |
| 最高正则化参数 α highest_alpha | 7167000.0000 |
| 实空间数据点数 n_real_points | 56 |
| GNOM 版本 gnom_version | 4.1.3 |
| 质量判据 quality_criteria | AN1: 0.000; Oscil: 0.733; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.927; Smooth: 0.888 |
5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment
6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)
7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains
SCOP 2.08 (1 domains)
| 结构域编号 domain_id | d1c8ha_ |
| 类 Class class | b — All beta proteins |
| 折叠类型 Fold fold | b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) |
| 超家族 Superfamily superfamily | b.121.5 — ssDNA viruses |
| 家族 Family family | b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP |
CATH v4.4 (1 domains)
| 结构域编号 domain_id | 1c8hA00 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 170 — Beta Complex |
| 拓扑 Topology topology | 30 — Empty Capsid Viral Protein 2 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2 |