SAXSdb — 1c8u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACYL-COA THIOESTERASE II

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–286 链 B； UniProt 2–286	未记录	LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；NACL, NAOAC, LDAO, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TESB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–285； UniProt 2–286 作者链 B； PDB构建体 1–285； UniProt 2–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c8u
沉积日期 deposition_date	1999-07-29
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE E.COLI THIOESTERASE II, A HOMOLOGUE OF THE HUMAN NEF-BINDING ENZYME
关键词 keywords	INTERNAL REPEATS, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.81 Å
零角强度 I(0) i0	65252100.00
分子量 molecular_weight	64119.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80644 Å³
包络体积 envelope_volume	95414 Å³
水化壳体积 shell_volume	32182 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.9 Å
壳层 Rg shell_rg	32.02 Å
包络 Rg envelope_rg	24.48 Å
形状 Rg shape_rg	23.76 Å
总 Rg total_rg	24.83 Å
总原子数 total_atoms	4538
残基数 n_residues	570
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7200e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	65250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8240
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.352
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.023
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.594; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.948

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ACYL-COA THIOESTERASE II
分子量 formula_weight	31873.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5071

SQALKNLLTLLNLEKIEEGLFRGQSEDLGLRQVFGGQVVGQALYAAKETVPEERLVHSFHSYFLRPGDSKKPIIYDVETLRDGNSFSARRVAAIQNGKPIFYMTASFQAPEAGFEHQKTMPSAPAPDGLPSETQIAQSLAHLLPPVLKDKFICDRPLEVRPVEFHNPLKGHVAEPHRQVWIRANGSVPDDLRVHQYLLGYASDLNFLPVALQPHGIGFLEPGIQIATIDHSMWFHRPFNLNEWLLYSVESTSASSARGFVRGEFYTQDGVLVASTVQEGVMRNHN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	533

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1c8ua1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.3 — Acyl-CoA thioesterase

结构域编号 domain_id	d1c8ua2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.3 — Acyl-CoA thioesterase

结构域编号 domain_id	d1c8ub1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.3 — Acyl-CoA thioesterase

结构域编号 domain_id	d1c8ub2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.3 — Acyl-CoA thioesterase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1c8uA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	1c8uA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	1c8uB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	1c8uB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	95.902 Å
晶胞边长 b length_b	119.805 Å
晶胞边长 c length_c	165.479 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2303
R_work r_work	0.2176
R_free r_free	0.2477

fit	/app/data/saxs_computation/c8/1c8u/1c8u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c8/1c8u/1c8u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c8/1c8u/1c8u.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE E.COLI THIOESTERASE II, A HOMOLOGUE OF THE HUMAN NEF-BINDING ENZYME

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACYL-COA THIOESTERASE II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction