SAXSdb — 1c9k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADENOSYLCOBINAMIDE KINASE

Salmonella typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–181 链 B； UniProt 2–181 链 C； UniProt 2–181	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：BATCH；pH 9；277 K；16% PEG 4000 100 MM CACL2 50 MM CHES, pH 9.0, BATCH	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C9K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CBU ADENOSYLCOBINAMIDE KINASE/ADENOSYLCOBINAMIDE PHOSPHATE GUANYLYLTRANSFERASE (COBU) FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM 提交 1998-03-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–181（180 aa）链 B 2–181（180 aa）链 C 2–181（180 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY MICRO BATCH FROM 6% PEG 3350, 200 MM NACL AND 50 MM SUCCINATE, PH 5.5 AT 4 C., micro batch	分辨率 2.30 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COBU_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–180； UniProt 2–181 作者链 B； PDB构建体 1–180； UniProt 2–181 作者链 C； PDB构建体 1–180； UniProt 2–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c9k
沉积日期 deposition_date	1999-08-02
结构标题 title	THE THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF ADENOSYLCOBINAMIDE KINASE/ ADENOSYLCOBINAMIDE PHOSPHATE GUALYLYLTRANSFERASE (COBU) COMPLEXED WITH GMP: EVIDENCE FOR A SUBSTRATE INDUCED TRANSFERASE ACTIVE SITE
关键词 keywords	ALPHA/BETA STRUCTURE ROSSMANN FOLD P-LOOP, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.76 Å
零角强度 I(0) i0	54566300.00
分子量 molecular_weight	55966.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69606 Å³
包络体积 envelope_volume	83403 Å³
水化壳体积 shell_volume	28986 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.22 Å
包络 Rg envelope_rg	23.73 Å
形状 Rg shape_rg	23.81 Å
总 Rg total_rg	24.43 Å
总原子数 total_atoms	3917
残基数 n_residues	515
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6347
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	28.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.144
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.570
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.752; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.338; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADENOSYLCOBINAMIDE KINASE
分子量 formula_weight	19794.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4253

MILVTGGARSGKSRHAEALIGDAPQVLYIATSQILDDEMAARIQHHKDGRPAHWRTAECWRHLDTLITADLAPDDAILLECITTMVTNLLFALGGENDPEQWDYAAMERAIDDEIQILIAACQRCPAKVVLVTNEVGMGIVPENRLARHFRDIAGRVNQRLAAAADEVWLVVSGIGVKIK

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	363.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	336

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1c9ka_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.11 — RecA protein-like (ATPase-domain)

结构域编号 domain_id	d1c9kb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.11 — RecA protein-like (ATPase-domain)

结构域编号 domain_id	d1c9kc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.11 — RecA protein-like (ATPase-domain)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1c9kA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1c9kB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1c9kC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	58.380 Å
晶胞边长 b length_b	87.770 Å
晶胞边长 c length_c	101.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/c9/1c9k/1c9k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c9/1c9k/1c9k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c9/1c9k/1c9k.dat

THE THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF ADENOSYLCOBINAMIDE KINASE/ ADENOSYLCOBINAMIDE PHOSPHATE GUALYLYLTRANSFERASE (COBU) COMPLEXED WITH GMP: EVIDENCE FOR A SUBSTRATE INDUCED TRANSFERASE ACTIVE SITE