SAXSdb — 1cb5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BLEOMYCIN HYDROLASE

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–454 链 B； UniProt 2–454 链 C； UniProt 2–454	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；pH 8.00	分辨率 2.59 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CB5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CB5 HUMAN BLEOMYCIN HYDROLASE, C73S/DELE455 MUTANT 提交 1999-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–454（453 aa）链 B 2–454（453 aa）	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 1.85 Å R-free 0.210
2CB5 HUMAN BLEOMYCIN HYDROLASE, C73S/DELE455 MUTANT 提交 1999-03-02	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–454（453 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 1.85 Å R-free 0.210
2CB5 HUMAN BLEOMYCIN HYDROLASE, C73S/DELE455 MUTANT 提交 1999-03-02	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 2–454（453 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 1.85 Å R-free 0.210
7V5L Crystal structure of human bleomycin hydrolase 提交 2021-08-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–455（455 aa）链 B 1–455（455 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M sodium chloride, 10% (w/v) PEG 8000, 0.1mM CHES, pH 9.5	分辨率 1.74 Å R-free 0.200
7V5L Crystal structure of human bleomycin hydrolase 提交 2021-08-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–455（455 aa）链 D 1–455（455 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M sodium chloride, 10% (w/v) PEG 8000, 0.1mM CHES, pH 9.5	分辨率 1.74 Å R-free 0.200
7V5S Crystal structure of human bleomycin hydrolase C73A mutant 提交 2021-08-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–455（455 aa）	突变：C73A	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；30% (w/v) PEG 400, 0.1mM CHES, pH 9.5	分辨率 3.02 Å R-free 0.197
7V5T Crystal structure of human bleomycin hydrolase C73S mutant 提交 2021-08-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–455（455 aa）	突变：C73S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；30% (w/v) PEG 400, 0.1mM CHES, pH 9.5	分辨率 3.25 Å R-free 0.193
7XF9 Crystal structure of human bleomycin hydrolase H372A mutant 提交 2022-04-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–455（455 aa）	突变：H372A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；30% (w/v) PEG 400, 0.1mM CHES	分辨率 3.20 Å R-free 0.242

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BLMH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–453； UniProt 2–454 作者链 B； PDB构建体 1–453； UniProt 2–454 作者链 C； PDB构建体 1–453； UniProt 2–454

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cb5
沉积日期 deposition_date	1999-03-01
结构标题 title	HUMAN BLEOMYCIN HYDROLASE.
关键词 keywords	HYDROLASE, AMINOPEPTIDASE, CYSTEINE PROTEASE, SELF-COMPARTMENTALIZING, BLEOMYCIN; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.94 Å
零角强度 I(0) i0	368655000.00
分子量 molecular_weight	156800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	196200 Å³
包络体积 envelope_volume	272020 Å³
水化壳体积 shell_volume	56772 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.9 Å
壳层 Rg shell_rg	46.10 Å
包络 Rg envelope_rg	38.42 Å
形状 Rg shape_rg	38.91 Å
总 Rg total_rg	39.44 Å
总原子数 total_atoms	11022
残基数 n_residues	1359
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.7 Å
Rg (实空间) rg_real	39.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	368700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9037
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.103
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.668
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	64020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.878

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1cb5a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d1cb5b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d1cb5c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1cb5A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	1cb5B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	1cb5C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	133.304 Å
晶胞边长 b length_b	171.494 Å
晶胞边长 c length_c	145.707 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	100.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2600

描述 description	BLEOMYCIN HYDROLASE
分子量 formula_weight	52342.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	11022

HUMAN BLEOMYCIN HYDROLASE.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BLEOMYCIN HYDROLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/cb/1cb5/1cb5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cb/1cb5/1cb5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cb/1cb5/1cb5.dat