1cc1

CRYSTAL STRUCTURE OF A REDUCED, ACTIVE FORM OF THE NI-FE-SE HYDROGENASE FROM DESULFOMICROBIUM BACULATUM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HYDROGENASE (SMALL SUBUNIT)

物种未注明

UniProt P13063

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 S; UniProt 33–315 未记录 HYDROGENASE (LARGE SUBUNIT) × 1 (P13065) SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 NI NICKEL (II) ION × 1 FE2 FE (II) ION × 1 FCO CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.2;pH 6.2 分辨率 2.15 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHSS_DESBA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–283; UniProt 33–315

HYDROGENASE (LARGE SUBUNIT)

物种未注明

UniProt P13065

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 2–499 未记录 HYDROGENASE (SMALL SUBUNIT) × 1 (P13063) SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 NI NICKEL (II) ION × 1 FE2 FE (II) ION × 1 FCO CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.2;pH 6.2 分辨率 2.15 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHSL_DESBA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–498; UniProt 2–499

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cc1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cc1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cc1
沉积日期 deposition_date1999-03-03
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF A REDUCED, ACTIVE FORM OF THE NI-FE-SE HYDROGENASE FROM DESULFOMICROBIUM BACULATUM
关键词 keywordsNI-FE-SE HYDROGENASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.24
零角强度 I(0) i0116290000.00
分子量 molecular_weight84630.0 kDa
排除体积 excluded_volume105330 ų
包络体积 envelope_volume116130 ų
水化壳体积 shell_volume37296 ų
包络直径 envelope_diameter84.0
壳层 Rg shell_rg33.55
包络 Rg envelope_rg24.66
形状 Rg shape_rg24.29
总 Rg total_rg24.94
总原子数 total_atoms5895
残基数 n_residues762
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.6
Rg (实空间) rg_real24.98
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32
I(0) (实空间) i0_real1.1630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal116300000.0000
解质量估计 total_estimate0.6916
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.2
偏度 Skewness skewness0.146
峰度 Kurtosis kurtosis-0.452
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28880000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.120; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.971

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1cc1l_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamilye.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family familye.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit
结构域编号 domain_idd1cc1s_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamilye.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family familye.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1cc1L00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B
结构域编号 domain_id1cc1S01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit
结构域编号 domain_id1cc1S02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)