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1ccf

How an Epidermal Growth Factor (EGF)-Like Domain Binds Calcium-High Resolution NMR Structure of the Calcium Form of the NH2-Terminal EGF-Like Domain in Coagulation Factor X

Method: SOLUTION NMR Dmax: 29.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COAGULATION FACTOR X

Bos taurus

UniProt P00743

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 85–126 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CCF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1APO THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE APO FORM OF THE N-TERMINAL EGF-LIKE MODULE OF BLOOD COAGULATION FACTOR X AS DETERMINED BY NMR SPECTROSCOPY AND SIMULATED FOLDING 提交 1992-04-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 85–126（42 aa）
未记录 OH HYDROXIDE ION × 1 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1IOD CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN FROM SNAKE VENOM AND THE GLA DOMAIN OF FACTOR X 提交 2001-02-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 41–84（44 aa） 片段：GLA DOMAIN(RESIDUES 41-84)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；PEG8000, calcium chloride, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
1IOD CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN FROM SNAKE VENOM AND THE GLA DOMAIN OF FACTOR X 提交 2001-02-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 41–84（44 aa） 片段：GLA DOMAIN(RESIDUES 41-84)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；PEG8000, calcium chloride, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
1IOD CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN FROM SNAKE VENOM AND THE GLA DOMAIN OF FACTOR X 提交 2001-02-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 41–84（44 aa） 片段：GLA DOMAIN(RESIDUES 41-84)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；PEG8000, calcium chloride, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
1KIG BOVINE FACTOR XA 提交 1997-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 234–474（241 aa）
链 L 129–179（51 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1WHE COAGULATION FACTOR, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1996-06-18 构建体不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 41–126（86 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1WHF COAGULATION FACTOR, NMR, 15 STRUCTURES 提交 1996-06-18 构建体不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 41–126（86 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA10_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–42； UniProt 85–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ccf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ccf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ccf
沉积日期 deposition_date1993-05-19
结构标题 titleHow an Epidermal Growth Factor (EGF)-Like Domain Binds Calcium-High Resolution NMR Structure of the Calcium Form of the NH2-Terminal EGF-Like Domain in Coagulation Factor X
关键词 keywordsCOAGULATION FACTOR; COAGULATION FACTOR
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier10.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.37 Å
零角强度 I(0) i096507100.00
分子量 molecular_weight68534.0 kDa
排除体积 excluded_volume80023 ų
包络体积 envelope_volume12154 ų
水化壳体积 shell_volume8367 ų
包络直径 envelope_diameter53.7 Å
壳层 Rg shell_rg18.06 Å
包络 Rg envelope_rg14.49 Å
形状 Rg shape_rg11.41 Å
总 Rg total_rg11.50 Å
总原子数 total_atoms8760
残基数 n_residues615
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax29.3 Å
Rg (实空间) rg_real10.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.05 Å
I(0) (实空间) i0_real9.2540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal96510000.0000
解质量估计 total_estimate0.6770
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary10.4 Å
偏度 Skewness skewness0.416
峰度 Kurtosis kurtosis-0.510
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha3.9790
最高正则化参数 α highest_alpha33450.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.984; Stabil: 0.977; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ccfa_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1ccfA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
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8. 引用文献 (4)

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9. 文件与曲线 (10)