SAXSdb — 1ce4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (V3 LOOP OF HIV-1 ENVELOPE PROTEIN)

物种未注明

UniProt P20871

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 294–328	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 2.5；290 K；压力 1 NMR样品组成：10% D2O/70% WATER/20% D3-TRIFLUOROETHANOL	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CE4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2ESX The structure of the V3 region within gp120 of JR-FL HIV-1 strain (minimized average structure) 提交 2005-10-27	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 301–319（19 aa）片段：V3 of GP120	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；305 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM acetic acid NMR样品组成 0.4mM V3JR-FL-447-52D complex U-15N \| 5% D2O, 95% H2O NMR样品组成 0.4mM V3JR-FL-447-52D complex U-15N-13C \| 5% D2O, 95% H2O NMR样品组成 0.4mM V3JR-FL-447-52D complex U-15N-13C \| 100% D2O	分辨率未提供
2ESZ The structure of the V3 region within gp120 of JR-FL HIV-1 strain (ensemble) 提交 2005-10-27	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 301–319（19 aa）片段：V3 of GP120	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；305 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM acetic acid NMR样品组成 0.4mM V3JR-FL-447-52D complex U-15N \| 5% D2O, 95% H2O NMR样品组成 0.4mM V3JR-FL-447-52D complex U-15N-13C \| 5% D2O, 95% H2O NMR样品组成 0.4mM V3JR-FL-447-52D complex U-15N-13C \| 100% D2O	分辨率未提供
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 197–300（104 aa）链 E 317–484（168 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 O 197–300（104 aa）链 O 317–484（168 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 K 197–300（104 aa）链 K 317–484（168 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 197–300（104 aa）链 A 317–484（168 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.28 Å R-free 0.263
9MMJ Crystal Structure of 19b Fab bound to the third variable (V3) loop peptide from the HIV-1 JR-FL envelope (Env) glycoprotein 提交 2024-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 291–333（43 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.18 M Ammonium sulfate, 0.09 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 27% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, 10% v/v Glycerol	分辨率 1.78 Å R-free 0.199

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENV_HV1JR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–35； UniProt 294–328

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ce4
沉积日期 deposition_date	1999-03-15
结构标题 title	CONFORMATIONAL MODEL FOR THE CONSENSUS V3 LOOP OF THE ENVELOPE PROTEIN GP120 OF HIV-1
关键词 keywords	AMPHIPATHIC HELIX, HIV INFECTION, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	9.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	9.90 Å
零角强度 I(0) i0	105691000.00
分子量 molecular_weight	78029.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94702 Å³
包络体积 envelope_volume	11334 Å³
水化壳体积 shell_volume	8686 Å³
包络直径 envelope_diameter	37.8 Å
壳层 Rg shell_rg	16.79 Å
包络 Rg envelope_rg	11.67 Å
形状 Rg shape_rg	9.85 Å
总 Rg total_rg	10.32 Å
总原子数 total_atoms	10860
残基数 n_residues	700
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	32.8 Å
Rg (实空间) rg_real	9.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	9.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	105700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7154
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	10.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.302
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.423
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19740.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 0.894; Smooth: 0.940

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ce4a_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.53 — HIV-1 envelope gp120 protein fragments
超家族 Superfamily superfamily	j.53.1 — HIV-1 envelope gp120 protein fragments
家族 Family family	j.53.1.1 — HIV-1 envelope gp120 protein fragments

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	PROTEIN (V3 LOOP OF HIV-1 ENVELOPE PROTEIN)
分子量 formula_weight	3905.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10860

fit	/app/data/saxs_computation/ce/1ce4/1ce4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ce/1ce4/1ce4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ce/1ce4/1ce4.dat

CONFORMATIONAL MODEL FOR THE CONSENSUS V3 LOOP OF THE ENVELOPE PROTEIN GP120 OF HIV-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (V3 LOOP OF HIV-1 ENVELOPE PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)