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1cf7

STRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY THE HETERODIMERIC CELL CYCLE TRANSCRIPTION FACTOR E2F-DP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.6 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR E2F-4)

Homo sapiens

UniProt Q16254

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 11–86 片段：DNA-BINDING DOMAIN ;DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*A)-3') ; × 1 PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR DP-2) × 1 （Q14188） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；277 K；14-16% PEG 400, 25MM NACL, 50MM MES, 10MM DTT, PH=6.0, 4 DEGREES C, temperature 277K 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CF7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5TUU Crystal structure of the E2F4-DP1 coiled coil and marked-box domains 提交 2016-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 91–198（108 aa） 片段：UNP residues 91-198
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES pH 6.5, 15% PEG 6000
分辨率 2.25 Å R-free 0.239
5TUU Crystal structure of the E2F4-DP1 coiled coil and marked-box domains 提交 2016-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 91–198（108 aa） 片段：UNP residues 91-198
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES pH 6.5, 15% PEG 6000
分辨率 2.25 Å R-free 0.239

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E2F4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 11–86

PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR DP-2)

Homo sapiens

UniProt Q14188

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 60–154 片段：DNA-BINDING DOMAIN ;DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*A)-3') ; × 1 PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR E2F-4) × 1 （Q16254） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；277 K；14-16% PEG 400, 25MM NACL, 50MM MES, 10MM DTT, PH=6.0, 4 DEGREES C, temperature 277K 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TDP2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–95； UniProt 60–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cf7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cf7
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cf7
沉积日期 deposition_date1999-03-24
结构标题 titleSTRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY THE HETERODIMERIC CELL CYCLE TRANSCRIPTION FACTOR E2F-DP
关键词 keywordsE2F, DP, WINGED-HELIX, DNA-BINDING DOMAIN, TRANSCRIPTION FACTOR, CELL CYCLE, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.61 Å
零角强度 I(0) i017955200.00
分子量 molecular_weight26136.0 kDa
排除体积 excluded_volume30197 ų
包络体积 envelope_volume37464 ų
水化壳体积 shell_volume17855 ų
包络直径 envelope_diameter59.1 Å
壳层 Rg shell_rg23.60 Å
包络 Rg envelope_rg17.79 Å
形状 Rg shape_rg17.56 Å
总 Rg total_rg18.50 Å
总原子数 total_atoms1798
残基数 n_residues179
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.6 Å
Rg (实空间) rg_real18.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17960000.0000
解质量估计 total_estimate0.9000
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.1 Å
偏度 Skewness skewness0.149
峰度 Kurtosis kurtosis-0.433
角度范围 angular_range— – 0.4250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2279000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.979
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1cf7a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family familya.4.5.17 — Cell cycle transcription factor e2f-dp
结构域编号 domain_idd1cf7b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family familya.4.5.17 — Cell cycle transcription factor e2f-dp

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1cf7A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id1cf7B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)