SAXSdb — 1chu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (L-ASPARTATE OXIDASE)

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–540	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.3；pH 8.3	分辨率 2.20 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CHU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KNP E. coli L-aspartate oxidase: mutant R386L in complex with succinate 提交 2001-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–540（540 aa）	突变：R386L	NA SODIUM ION × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ispropanol, Hepes, sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
1KNR L-aspartate oxidase: R386L mutant 提交 2001-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–540（540 aa）	突变：R386L	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；isopropanol, Hepes, sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.295

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NADB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–540； UniProt 1–540

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1chu
沉积日期 deposition_date	1999-03-29
结构标题 title	STRUCTURE OF L-ASPARTATE OXIDASE: IMPLICATIONS FOR THE SUCCINATE DEHYDROGENASE/ FUMARATE REDUCATSE FAMILY
关键词 keywords	FLAVOENZYME, NAD BIOSYNTHESIS, FAD, OXIDOREDUCTASE; FLAVOENZYME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.27 Å
零角强度 I(0) i0	49294400.00
分子量 molecular_weight	53473.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66546 Å³
包络体积 envelope_volume	80680 Å³
水化壳体积 shell_volume	28341 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.6 Å
壳层 Rg shell_rg	30.90 Å
包络 Rg envelope_rg	23.41 Å
形状 Rg shape_rg	23.29 Å
总 Rg total_rg	24.07 Å
总原子数 total_atoms	3761
残基数 n_residues	478
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.4 Å
Rg (实空间) rg_real	24.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7010
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.170
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.469
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.137; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (L-ASPARTATE OXIDASE)
分子量 formula_weight	60430.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3957

MNTLPEHSCDVLIIGSGAAGLSLALRLADQHQVIVLSKGPVTEGSTFYAQGGIAAVFDETDSIDSHVEDTLIAGAGICDRHAVEFVASNARSCVQWLIDQGVLFDTHIQPNGEESYHLTREGGHSHRRILHAADATGREVETTLVSKALNHPNIRVLERTNAVDLIVSDKIGLPGTRRVVGAWVWNRNKETVETCHAKAVVLATGGASKVYQYTTNPDISSGDGIAMAWRAGCRVANLEFNQFHPTALYHPQARNFLLTEALRGEGAYLKRPDGTRFMPDFDERGELAPRDIVARAIDHEMKRLGADCMFLDISHKPADFIRQHFPMIYEKLLGLGIDLTQEPVPIVPAAHYTCGGVMVDDHGRTDVEGLYAIGEVSYTGLHGANRMASNSLLECLVYGWSAAEDITRRMPYAHDISTLPPWDESRVENPDERVVIQHNWHELRLFMWDYVGIVRTTKRLERALRRITMLQQEIDEYYAHFRVSNNLLELRNLVQVAELIVRCAMMRKESRGLHFTLDYPELLTHSGPSILSPGNHYINR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	196

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1chua1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.3 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain
家族 Family family	a.7.3.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1chua2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.4 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1chua3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.168 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	d.168.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain
家族 Family family	d.168.1.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1chuA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1chuA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	700 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1chuA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.750 Å
晶胞边长 b length_b	84.750 Å
晶胞边长 c length_c	159.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2810

fit	/app/data/saxs_computation/ch/1chu/1chu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ch/1chu/1chu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ch/1chu/1chu.dat

STRUCTURE OF L-ASPARTATE OXIDASE: IMPLICATIONS FOR THE SUCCINATE DEHYDROGENASE/ FUMARATE REDUCATSE FAMILY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (L-ASPARTATE OXIDASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction