SAXSdb — 1ci3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CYTOCHROME F)

Phormidium laminosum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 46–294	片段：SOLUBLE EXTRINSIC FRAGMENT	ZN ZINC ION × 2 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.235
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 46–294	片段：SOLUBLE EXTRINSIC FRAGMENT	ZN ZINC ION × 12 HEC HEME C × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.235
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 46–294	片段：SOLUBLE EXTRINSIC FRAGMENT	ZN ZINC ION × 4 HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYF_PHOLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–249； UniProt 46–294

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ci3
沉积日期 deposition_date	1999-04-07
结构标题 title	CYTOCHROME F FROM THE B6F COMPLEX OF PHORMIDIUM LAMINOSUM
关键词 keywords	ELECTRON TRANSFER PROTEIN, COMPLEX SUBUNIT, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.54 Å
零角强度 I(0) i0	13097500.00
分子量 molecular_weight	27160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33907 Å³
包络体积 envelope_volume	41129 Å³
水化壳体积 shell_volume	17096 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.20 Å
包络 Rg envelope_rg	23.22 Å
形状 Rg shape_rg	22.53 Å
总 Rg total_rg	23.24 Å
总原子数 total_atoms	1909
残基数 n_residues	249
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.3 Å
Rg (实空间) rg_real	23.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7835
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.712
峰度 Kurtosis kurtosis	0.090
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2806000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.560; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.519; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (CYTOCHROME F)
分子量 formula_weight	26462.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M
原子数 atom_count	2181

YPFWAQQNYANPREATGRIVCANCHLAAKPAEIEVPQAVLPDSVFKAVVKIPYDHSVQQVQADGSKGPLNVGAVLMLPEGFTIAPEDRIPEEMKEEVGPSYLFQPYADDKQNIVLVGPLPGDEYEEIVFPVLSPNPATNKSVAFGKYSIHLGANRGRGQIYPTGEKSNNAVYNASAAGVITAIAKADDGSAEVKIRTEDGTTIVDKIPAGPELIVSEGEEVAAGAALTNNPNVGGFGQKDTEIVLQSPN

来源 Source

来源生物 organism	Phormidium laminosum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32059
宿主生物 host_organism	Escherichia coli str. K12 substr. W3110

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	250

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ci3m1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.6 — Cytochrome f, large domain
家族 Family family	b.2.6.1 — Cytochrome f, large domain

结构域编号 domain_id	d1ci3m2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamily	b.84.2 — Rudiment single hybrid motif
家族 Family family	b.84.2.2 — Cytochrome f, small domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1ci3M01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — Cytochrome f large domain

结构域编号 domain_id	1ci3M02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	109.600 Å
晶胞边长 b length_b	109.600 Å
晶胞边长 c length_c	145.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2350

fit	/app/data/saxs_computation/ci/1ci3/1ci3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ci/1ci3/1ci3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ci/1ci3/1ci3.dat

CYTOCHROME F FROM THE B6F COMPLEX OF PHORMIDIUM LAMINOSUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CYTOCHROME F)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction