SAXSdb — 1ci9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CARBOXYLESTERASE)

Burkholderia gladioli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–392 链 B； UniProt 1–392	未记录	DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；10% PEG 4000, 10% 2-PROPANOL, 0.05M NA HEPES BUFFER (PH=7.5), pH 7.50	分辨率 1.80 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CI9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CI8 ESTERASE ESTB FROM BURKHOLDERIA GLADIOLI: AN ESTERASE WITH (BETA)-LACTAMASE FOLD. 提交 1999-04-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–392（392 aa）链 B 1–392（392 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 4000, 10% 2-PROPANOL, 0.05 M NA HEPES BUFFER (PH=7.5), pH 7.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.247

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KX40_9BURK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–392； UniProt 1–392 作者链 B； PDB构建体 1–392； UniProt 1–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ci9
沉积日期 deposition_date	1999-04-08
结构标题 title	DFP-INHIBITED ESTERASE ESTB FROM BURKHOLDERIA GLADIOLI
关键词 keywords	HYDROLASE, CABOXYLESTERASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.44 Å
零角强度 I(0) i0	104790000.00
分子量 molecular_weight	80535.0 kDa
排除体积 excluded_volume	100650 Å³
包络体积 envelope_volume	120370 Å³
水化壳体积 shell_volume	34388 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.11 Å
包络 Rg envelope_rg	29.35 Å
形状 Rg shape_rg	29.47 Å
总 Rg total_rg	29.94 Å
总原子数 total_atoms	5690
残基数 n_residues	754
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.1 Å
Rg (实空间) rg_real	30.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	104800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8661
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.445
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	44610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.971

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (CARBOXYLESTERASE)
分子量 formula_weight	41751.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6261

MTAASLDPTAFSLDAASLAARLDAVFDQALRERRLVGAVAIVARHGEILYRRAQGLADREAGRPMREDTLFRLASVTKPIVALAVLRLVARGELALDAPVTRWLPEFRPRLADGSEPLVTIHHLLTHTSGLGYWLLEGAGSVYDRLGISDGIDLRDFDLDENLRRLASAPLSFAPGSGWQYSLALDVLGAVVERATGQPLAAAVDALVAQPLGMRDCGFVSAEPERFAVPYHDGQPEPVRMRDGIEVPLPEGHGAAVRFAPSRVFEPGAYPSGGAGMYGSADDVLRALEAIRANPGFLPETLADAARRDQAGVGAETRGPGWGFGYLSAVLDDPAAAGTPQHAGTLQWGGVYGHSWFVDRALGLSVLLLTNTAYEGMSGPLTIALRDAVYAR

来源 Source

来源生物 organism	Burkholderia gladioli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28095
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DIISOPROPYL PHOSPHONATE
分子量 formula_weight	166.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	571

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ci9a_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

结构域编号 domain_id	d1ci9b_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1ci9A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	1ci9B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	83.444 Å
晶胞边长 b length_b	83.444 Å
晶胞边长 c length_c	194.576 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1759
R_free r_free	0.2352

fit	/app/data/saxs_computation/ci/1ci9/1ci9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ci/1ci9/1ci9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ci/1ci9/1ci9.dat

DFP-INHIBITED ESTERASE ESTB FROM BURKHOLDERIA GLADIOLI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CARBOXYLESTERASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction