1cii

COLICIN IA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 235.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLICIN IA

Escherichia coli

UniProt P06716

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–624 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:vapor diffusion - hanging drop - streak seeding;pH 5.2;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST RESERVOIRS OF 1.0 M NH4(SO4)2, 20 MM NA-CITRATE (PH 5.2), 200 MM NACL, STARTING WITH 6 MICROLITERS OF PROTEIN AT 2 MG/ML IN 20 MM NA-CITRATE (PH 5.2), 200 MM NACL, 5 MM DTT, AND 4 MICROLITERS RESERVOIR SOLUTION. THESE DROPS OF MUTANT PROTEIN WERE STREAK-SEEDED FROM STOCKS GENERATED FROM CRUSHED DIFFRACTION-QUALITY WILD-TYPE COLICIN IA CRYSTALS. CRYSTALS WERE HARVESTED TO 1.1 M NA2SO4, 200 MM NACL, 20 MM NA-CITRATE (PH 5.2), AND 5 MM DTT. FOR DERIVATIZATION, CRYSTALS WERE WASHED IN DTT-FREE HARVEST BUFFER AND SOAKED FOR ONE WEEK IN 1 MM CH3HGCL., vapor diffusion - hanging drop - streak seeding 分辨率 3.00 Å R-free 0.312

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CEIA_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–602; UniProt 23–624

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cii

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cii
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cii
沉积日期 deposition_date1997-01-08
结构标题 titleCOLICIN IA
关键词 keywordsCOLICIN, BACTERIOCIN, ION CHANNEL FORMATION, TRANSMEMBRANE PROTEIN; TRANSMEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.91
零角强度 I(0) i071522700.00
分子量 molecular_weight66948.0 kDa
排除体积 excluded_volume83167 ų
包络体积 envelope_volume130970 ų
水化壳体积 shell_volume24056 ų
包络直径 envelope_diameter218.2
壳层 Rg shell_rg43.11
包络 Rg envelope_rg59.66
形状 Rg shape_rg58.96
总 Rg total_rg58.05
总原子数 total_atoms4714
残基数 n_residues602
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax235.1
Rg (实空间) rg_real58.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error4.79
I(0) (实空间) i0_real7.1520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.14
I(0) (倒空间) i0_reciprocal71170000.0000
解质量估计 total_estimate0.6077
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary33.6
偏度 Skewness skewness0.702
峰度 Kurtosis kurtosis-0.569
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2690000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.005; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.001; Smooth: 0.882

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1ciia1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.1 — Colicin
家族 Family familyf.1.1.1 — Colicin
结构域编号 domain_idd1ciia2
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.4.3 — Colicin Ia, N-terminal domain
家族 Family familyh.4.3.1 — Colicin Ia, N-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1ciiA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology250 — Colicin Ia; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Colicin Ia, domain 1
结构域编号 domain_id1ciiA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology305 — Colicin Ia; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Colicin Ia; domain 2
结构域编号 domain_id1ciiA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Colicin

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)