1ciy

INSECTICIDAL TOXIN: STRUCTURE AND CHANNEL FORMATION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRYIA(A)

Bacillus thuringiensis

UniProt P0A366

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 29–618 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.25 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CR1AA_BACTK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–590; UniProt 29–618

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ciy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ciy
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ciy
沉积日期 deposition_date1995-06-01
结构标题 titleINSECTICIDAL TOXIN: STRUCTURE AND CHANNEL FORMATION
关键词 keywordsTOXIN, DELTA-ENDOTOXIN CRYIA(A), ICP; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.39
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.29
零角强度 I(0) i067361600.00
分子量 molecular_weight64542.0 kDa
排除体积 excluded_volume80849 ų
包络体积 envelope_volume94367 ų
水化壳体积 shell_volume31047 ų
包络直径 envelope_diameter93.2
壳层 Rg shell_rg32.62
包络 Rg envelope_rg25.53
形状 Rg shape_rg25.28
总 Rg total_rg26.07
总原子数 total_atoms4571
残基数 n_residues577
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.5
Rg (实空间) rg_real26.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real6.7360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal67360000.0000
解质量估计 total_estimate0.6820
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.3
偏度 Skewness skewness0.287
峰度 Kurtosis kurtosis-0.269
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13810000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.818; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.980

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1ciya1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family familyb.18.1.3 — delta-Endotoxin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1ciya2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamilyb.77.2 — delta-Endotoxin (insectocide), middle domain
家族 Family familyb.77.2.1 — delta-Endotoxin (insectocide), middle domain
结构域编号 domain_idd1ciya3
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.3 — delta-Endotoxin (insectocide), N-terminal domain
家族 Family familyf.1.3.1 — delta-Endotoxin (insectocide), N-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1ciyA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pesticidal crystal protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1ciyA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pesticidal crystal protein, central domain
结构域编号 domain_id1ciyA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — Galactose-binding domain-like

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)