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1cj0

CRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT CYTOSOLIC SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE AT 2.8 ANGSTROM RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE)

Oryctolagus cuniculus

UniProt P07511

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 14–485 链 B； UniProt 14–485 突变：N5Q PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；20MM K2HPO4, KH2PO4, 25MM POTASIUM MES OR SODIUM HEPES, PH 7.0 0.2 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 3% PEG 400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.80 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CJ0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1RV3 E75L MUTANT OF RABBIT CYTOSOLIC SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE, COMPLEX WITH GLYCINE 提交 2003-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–483（483 aa）
链 B 1–483（483 aa）
突变：E75L 突变：E75L PO4 PHOSPHATE ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 GLY GLYCINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 8000, KCl, potassium phosphate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.255
1RV4 E75L MUTANT OF RABBIT CYTOSOLIC SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 提交 2003-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–483（483 aa）
链 B 1–483（483 aa）
突变：E75L 突变：E75L PO4 PHOSPHATE ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 8000, KCl, potassium phosphate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.95 Å R-free 0.241
1RVU E75Q MUTANT OF RABBIT CYTOSOLIC SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 提交 2003-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–483（483 aa）
链 B 1–483（483 aa）
突变：E75Q 突变：E75Q PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG 4000, KCl, KMES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.50 Å R-free 0.250
1RVY E75Q MUTANT OF RABBIT CYTOSOLIC SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE, COMPLEX WITH GLYCINE 提交 2003-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–483（483 aa）
链 B 1–483（483 aa）
突变：E75Q 突变：E75Q PLG N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG 4000, KCl, KMES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K
分辨率 2.90 Å R-free 0.283

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLYC_RABIT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–470； UniProt 14–485 作者链 B； PDB构建体 1–470； UniProt 14–485

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cj0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cj0
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cj0
沉积日期 deposition_date1999-04-20
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT CYTOSOLIC SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE AT 2.8 ANGSTROM RESOLUTION
关键词 keywordsHYDROXYMETHYL TRANSFERASE, 1 CARBON METABOLISM, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.18 Å
零角强度 I(0) i0165948000.00
分子量 molecular_weight99654.0 kDa
排除体积 excluded_volume123490 ų
包络体积 envelope_volume148190 ų
水化壳体积 shell_volume42266 ų
包络直径 envelope_diameter96.7 Å
壳层 Rg shell_rg36.96 Å
包络 Rg envelope_rg28.46 Å
形状 Rg shape_rg28.20 Å
总 Rg total_rg28.89 Å
总原子数 total_atoms7012
残基数 n_residues930
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.1 Å
Rg (实空间) rg_real29.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal166000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8960
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.1 Å
偏度 Skewness skewness0.285
峰度 Kurtosis kurtosis-0.331
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha58280000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.929
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1cj0a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.4 — GABA-aminotransferase-like
结构域编号 domain_idd1cj0b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.4 — GABA-aminotransferase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1cj0A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
结构域编号 domain_id1cj0A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id1cj0B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
结构域编号 domain_id1cj0B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)