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1ck4

CRYSTAL STRUCTURE OF RAT A1B1 INTEGRIN I-DOMAIN.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INTEGRIN ALPHA-1

Rattus norvegicus

UniProt P18614

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 167–364 片段：I-DOMAIN 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.5 分辨率 2.20 Å R-free 0.299
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 167–364 片段：I-DOMAIN 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.5 分辨率 2.20 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CK4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1MHP Crystal structure of a chimeric alpha1 integrin I-domain in complex with the Fab fragment of a humanized neutralizing antibody 提交 2002-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 169–360（192 aa） 片段：alpha1 I-domain
突变：G217V, R218Q, Q219R, L222R MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 1500, Tris, NaCl, beta-mercaptoethanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.272
1MHP Crystal structure of a chimeric alpha1 integrin I-domain in complex with the Fab fragment of a humanized neutralizing antibody 提交 2002-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 169–360（192 aa） 片段：alpha1 I-domain
突变：G217V, R218Q, Q219R, L222R MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 1500, Tris, NaCl, beta-mercaptoethanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.272
2B2X VLA1 RdeltaH I-domain complexed with a quadruple mutant of the AQC2 Fab 提交 2005-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 151–364（214 aa） 片段：I domain R delta H
突变：G217V, R218Q, Q219R, L222R MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Peg 20K, Mes, DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.272
2B2X VLA1 RdeltaH I-domain complexed with a quadruple mutant of the AQC2 Fab 提交 2005-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 151–364（214 aa） 片段：I domain R delta H
突变：G217V, R218Q, Q219R, L222R MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Peg 20K, Mes, DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.272

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITA1_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–198； UniProt 167–364 作者链 B； PDB构建体 1–198； UniProt 167–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ck4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ck4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ck4
沉积日期 deposition_date1999-04-27
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF RAT A1B1 INTEGRIN I-DOMAIN.
关键词 keywordsI-DOMAIN, METAL BINDING, COLLAGEN, ADHESION, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.86 Å
零角强度 I(0) i031421800.00
分子量 molecular_weight43205.0 kDa
排除体积 excluded_volume54154 ų
包络体积 envelope_volume63641 ų
水化壳体积 shell_volume22554 ų
包络直径 envelope_diameter88.8 Å
壳层 Rg shell_rg30.58 Å
包络 Rg envelope_rg24.92 Å
形状 Rg shape_rg24.86 Å
总 Rg total_rg25.51 Å
总原子数 total_atoms3753
残基数 n_residues388
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.8 Å
Rg (实空间) rg_real26.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31420000.0000
解质量估计 total_estimate0.6355
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary24.5 Å
偏度 Skewness skewness0.527
峰度 Kurtosis kurtosis-0.391
角度范围 angular_range— – 0.3150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha5.7720
最高正则化参数 α highest_alpha9391000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.703; Stabil: 0.902; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.775; Smooth: 0.699
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1ck4a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamilyc.62.1 — vWA-like
家族 Family familyc.62.1.1 — Integrin A (or I) domain
结构域编号 domain_idd1ck4b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamilyc.62.1 — vWA-like
家族 Family familyc.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1ck4A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily410 — von Willebrand factor, type A domain
结构域编号 domain_id1ck4B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily410 — von Willebrand factor, type A domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)