SAXSdb — 1clz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IGG FAB (IGG3, KAPPA)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–99	片段：FRAGMENT (MBR96)	IGG FAB (IGG3, KAPPA) × 1 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NON METHYL NONANOATE (ESTER) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.8；pH 7.8	分辨率 2.80 Å R-free 0.295
2	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–99	片段：FRAGMENT (MBR96)	IGG FAB (IGG3, KAPPA) × 1 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NON METHYL NONANOATE (ESTER) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.8；pH 7.8	分辨率 2.80 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GC3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 120–218； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1clz
沉积日期 deposition_date	1995-03-15
结构标题 title	IGG FAB (IGG3, KAPPA) FRAGMENT (MBR96) COMPLEXED WITH LEWIS Y NONOATE METHYL ESTER
关键词 keywords	IMMUNOGLOBULIN C REGION, GLYCOPROTEIN, TRANSMEMBRANE, IMMUNOGLOBULIN; IMMUNOGLOBULIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.36 Å
零角强度 I(0) i0	39867900.00
分子量 molecular_weight	48756.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60874 Å³
包络体积 envelope_volume	73325 Å³
水化壳体积 shell_volume	25422 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.9 Å
壳层 Rg shell_rg	31.18 Å
包络 Rg envelope_rg	24.18 Å
形状 Rg shape_rg	24.33 Å
总 Rg total_rg	25.20 Å
总原子数 total_atoms	3431
残基数 n_residues	437
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.1 Å
Rg (实空间) rg_real	25.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8956
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.328
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.436
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8264000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.980

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	IGG FAB (IGG3, KAPPA)
分子量 formula_weight	24246.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3431

DVLMTQIPVSLPVSLGDQASISCRSSQIIVHNNGNTYLEWYLQKPGQSPQLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCFQGSHVPFTFGSGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	IGG FAB (IGG3, KAPPA)
分子量 formula_weight	23759.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVNLVESGGGLVQPGGSLKVSCVTSGFTFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVAYISQGGDITDYPDTVKGRFTISRDNAKNSLYLQMSRLKSEDTAMYYCARGLDDGAWFAYWGQGTLVTVSVTTTAPSVYPLVPGCSDTSGSSVTLGCLVKGYFPEPVTVKWNYGALSSGVRTVSSVLQSGFYSLSSLVTVPSSTWPSQTVICNVAHPASKTELIKRIEPR

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	675.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	METHYL NONANOATE (ESTER)
分子量 formula_weight	172.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1clzh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1clzh2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1clzl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1clzl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1clzH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1clzH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1clzL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1clzL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	69.400 Å
晶胞边长 b length_b	84.900 Å
晶胞边长 c length_c	86.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2950

fit	/app/data/saxs_computation/cl/1clz/1clz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cl/1clz/1clz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cl/1clz/1clz.dat

IGG FAB (IGG3, KAPPA) FRAGMENT (MBR96) COMPLEXED WITH LEWIS Y NONOATE METHYL ESTER

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IGG FAB (IGG3, KAPPA)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)