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1cmr

NMR SOLUTION STRUCTURE OF A CHIMERIC PROTEIN, DESIGNED BY TRANSFERRING A FUNCTIONAL SNAKE BETA-HAIRPIN INTO A SCORPION ALPHA/BETA SCAFFOLD (PH 3.5, 20C), NMR, 18 STRUCTURES

Method: SOLUTION NMR Dmax: 29.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHARYBDOTOXIN, ALPHA CHIMERA

物种未注明

UniProt P13487

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 7–37 突变：R19K, K21W, M23D, N24H, K25R, K26G, R28I, Y30E 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 3.5；293 K 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CMR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BAH A TWO DISULFIDE DERIVATIVE OF CHARYBDOTOXIN WITH DISULFIDE 13-33 REPLACED BY TWO ALPHA-AMINOBUTYRIC ACIDS, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1996-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–37（36 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；278 K
分辨率未提供
2CRD ANALYSIS OF SIDE-CHAIN ORGANIZATION ON A REFINED MODEL OF CHARYBDOTOXIN: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1993-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–37（36 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
4JTA Crystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Charybdotoxin 提交 2013-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 Y 23–59（37 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 12 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.236
4JTC Crystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Charybdotoxin in Cs+ 提交 2013-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 Y 23–59（37 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 CS CESIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；PEG 400, Cesium CHLORIDE, TRIS BUFFER, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.56 Å R-free 0.262
4JTD Crystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Lys27Met mutant of Charybdotoxin 提交 2013-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 Y 23–59（37 aa） 片段：Charybdotoxin
突变：K27M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.54 Å R-free 0.235

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SCKA_LEIQH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–31； UniProt 7–37

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cmr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cmr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cmr
沉积日期 deposition_date1996-03-15
结构标题 titleNMR SOLUTION STRUCTURE OF A CHIMERIC PROTEIN, DESIGNED BY TRANSFERRING A FUNCTIONAL SNAKE BETA-HAIRPIN INTO A SCORPION ALPHA/BETA SCAFFOLD (PH 3.5, 20C), NMR, 18 STRUCTURES
关键词 keywordsANTAGONIST OF NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR, CURAREMIMETIC PROTEIN; CURAREMIMETIC PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier8.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron8.99 Å
零角强度 I(0) i081201400.00
分子量 molecular_weight64081.0 kDa
排除体积 excluded_volume75540 ų
包络体积 envelope_volume7878 ų
水化壳体积 shell_volume6902 ų
包络直径 envelope_diameter33.9 Å
壳层 Rg shell_rg15.24 Å
包络 Rg envelope_rg10.64 Å
形状 Rg shape_rg9.03 Å
总 Rg total_rg9.09 Å
总原子数 total_atoms8352
残基数 n_residues558
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax29.9 Å
Rg (实空间) rg_real9.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.07 Å
I(0) (实空间) i0_real8.1510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.2040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal8.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal81200000.0000
解质量估计 total_estimate0.6929
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary9.5 Å
偏度 Skewness skewness0.450
峰度 Kurtosis kurtosis-0.338
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha5.1280
最高正则化参数 α highest_alpha11360.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 0.910; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.834; Smooth: 0.800
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1cmra_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.7 — Scorpion toxin-like
家族 Family familyg.3.7.2 — Short-chain scorpion toxins
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)