SAXSdb — 1cp9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Penicillin G amidase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–228 链 B； UniProt 285–837	片段：UNP residues 24-228 突变：M140L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）片段：UNP residues 285-837	SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30-45% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 15% GLYCEROL, 50 MM K2HPO4, 0.02% W/V SODIUM AZIDE, PH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.165
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–228 链 B； UniProt 285–837	片段：UNP residues 24-228 突变：M140L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）片段：UNP residues 285-837	SO4 SULFATE ION × 8 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30-45% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 15% GLYCEROL, 50 MM K2HPO4, 0.02% W/V SODIUM AZIDE, PH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.165

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7WZI9_PRORE
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–205； UniProt 24–228 作者链 B； PDB构建体 1–553； UniProt 285–837

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cp9
沉积日期 deposition_date	1999-06-12
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF PENICILLIN G ACYLASE FROM THE BRO1 MUTANT STRAIN OF PROVIDENCIA RETTGERI
关键词 keywords	;ANTIBIOTIC RESISTANCE, AMIDOHYDROLASE, NTN-HYDROLASE FOLD, N-TERMINAL PYROGLUTAMATE, PENICILLIN BINDING PROTEIN, CALCIUM BINDING PROTEIN, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.52 Å
零角强度 I(0) i0	118571000.00
分子量 molecular_weight	85352.0 kDa
排除体积 excluded_volume	106200 Å³
包络体积 envelope_volume	122760 Å³
水化壳体积 shell_volume	37196 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.7 Å
壳层 Rg shell_rg	35.20 Å
包络 Rg envelope_rg	26.68 Å
形状 Rg shape_rg	26.47 Å
总 Rg total_rg	27.46 Å
总原子数 total_atoms	6038
残基数 n_residues	749
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.6 Å
Rg (实空间) rg_real	27.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	118600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8975
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.167
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.460
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	26760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Penicillin G amidase
分子量 formula_weight	23717.3 kDa
突变 mutation	M140L
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6814

QSTQIKIERDNYGVPHIYANDTYSLFYGYGYAVAQDRLFQMEMAKRSTQGTVSEVFGKDYISFDKEIRNNYWPDSIHKQINQLPSQEQDILRGYADGMNAWIKQINTKPDDLMPKQFIDYDFLPSQWTSFDVAMIMVGTLANRFSDMNSEIDNLALLTALKDKYGEQLGVEFFNQINWLNNPNAPTTISSEEFTYSDSQKTKNIS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Penicillin G amidase
分子量 formula_weight	62215.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SNVWLVGKTKASGAKAILLNGPQFGWFNPAYTYGIGLHGAGFNIVGNTPFAYPAILFGHNGHVSWGSTAGFGDGVDIFAEQVSPEDPNSYLHQGQWKKMLSRQETLNVKGEQPITFEIYRTVHGNVVKRDKTTHTAYSKARAWDGKELTSLMAWVKQGQAQNWQQWLDQAQNQALTINWYYADKDGNIGYVHTGHYPDRQINHDPRLPVSGTGEWDWKGIQPFANNPKVYNPKSGYIANWNNSPAKNYPASDLFAFLWGSADRVKEIDNRIEAYDKLTADDMWAILQQTSRVDLNHRLFTPFLTQATQGLPSNDNSVKLVSMLQQWDGINQLSSDGKHYIHPGSAILDIWLKEMLKATLGQTVPAPFDKWYLASGYETTQEGPTGSLNISTGAKLLYESLLEDKSPISQSIDLFSGQPQNDVIRKTLNTTYQKMIEKYGDNPANWQTPATALTFRENNFFGIPQALPQENFHQNEYHNRGTENDLIVFTEEGVSAWDVVAPGQSGFISPQGKPSPHYQDQLSLYQQFGKKPLWLNSEDVAPYIESTETLIIER

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	776

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1cp9.1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.2 — Penicillin acylase, catalytic domain

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1cp9A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	439 — Penicillin Amidohydrolase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Penicillin Amidohydrolase, domain 1

结构域编号 domain_id	1cp9A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	1cp9B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

结构域编号 domain_id	1cp9B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	120 — Penicillin G acylase, beta-roll domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region

结构域编号 domain_id	1cp9B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1400 — Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, alpha-helical knob region

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	140.645 Å
晶胞边长 b length_b	140.645 Å
晶胞边长 c length_c	200.189 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1540
R_work r_work	0.1540
R_free r_free	0.1650

fit	/app/data/saxs_computation/cp/1cp9/1cp9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cp/1cp9/1cp9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cp/1cp9/1cp9.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF PENICILLIN G ACYLASE FROM THE BRO1 MUTANT STRAIN OF PROVIDENCIA RETTGERI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Penicillin G amidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)