SAXSdb — 1cpc

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)

Fremyella diplosiphon

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT) × 1 （P07119） PHYCOCYANOBILIN × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT) × 1 （P07119） PHYCOCYANOBILIN × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT) × 6 （P07119） PHYCOCYANOBILIN × 18 water × 12	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT) × 3 （P07119） PHYCOCYANOBILIN × 9 water × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT) × 3 （P07119） PHYCOCYANOBILIN × 9 water × 6	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT) × 2 （P07119） PHYCOCYANOBILIN × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHA1_FREDI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 K； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162

C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)

Fremyella diplosiphon

UniProt P07119

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT) × 1 （P07122） PHYCOCYANOBILIN × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT) × 1 （P07122） PHYCOCYANOBILIN × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT) × 6 （P07122） PHYCOCYANOBILIN × 18 water × 12	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT) × 3 （P07122） PHYCOCYANOBILIN × 9 water × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT) × 3 （P07122） PHYCOCYANOBILIN × 9 water × 6	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT) × 2 （P07122） PHYCOCYANOBILIN × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHB1_FREDI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 L； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cpc
沉积日期 deposition_date	1990-10-11
结构标题 title	ISOLATION, CRYSTALLIZATION, CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS AND REFINEMENT OF CONSTITUTIVE C-PHYCOCYANIN FROM THE CHROMATICALLY ADAPTING CYANOBACTERIUM FREMYELLA DIPLOSIPHON AT 1.66 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	LIGHT HARVESTING PROTEIN; LIGHT HARVESTING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1cpc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1cpc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1cpc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.65 Å
Rg（电子密度）	25.23 Å
总 Rg	25.71 Å
原子数	2596
残基数	333
排除体积	46234 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1cpc__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1cpc__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1cpc__assembly_3__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1cpc__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1cpc__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1cpc__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)
分子量 formula_weight	17243.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,K
原子数 atom_count	5434

MKTPLTEAVAAADSQGRFLSSTEIQTAFGRFRQASASLAAAKALTEKASSLASGAANAVYSKFPYTTSQNGPNFASTQTGKDKCVRDIGYYLRMVTYCLVVGGTGPLDDYLIGGIAEINRTFDLSPSWYVEALKYIKANHGLSGDPAVEANSYIDYAINALS

来源 Source

来源生物 organism	Fremyella diplosiphon
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1197

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)
分子量 formula_weight	17950.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L

MLDAFAKVVSQADARGEYLSGSQIDALSALVADGNKRMDVVNRITGNSSTIVANAARSLFAEQPQLIAPGGNAYTSRRMAACLRDMEIILRYVTYAIFAGDASVLDDRCLNGLKETYLALGTPGSSVAVGVQKMKDAALAIAGDTNGITRGDCASLMAEVASYFDKAASAVA

来源 Source

来源生物 organism	Fremyella diplosiphon
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1197

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	243

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1cpca_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1cpcb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1cpck_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1cpcl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1cpcA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1cpcB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1cpcK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1cpcL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

▶

晶胞边长 a length_a	180.260 Å
晶胞边长 b length_b	180.260 Å
晶胞边长 c length_c	61.240 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.660 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	—

ISOLATION, CRYSTALLIZATION, CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS AND REFINEMENT OF CONSTITUTIVE C-PHYCOCYANIN FROM THE CHROMATICALLY ADAPTING CYANOBACTERIUM FREMYELLA DIPLOSIPHON AT 1.66 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1cpc__assembly_1__model_1

1cpc__assembly_1__model_1 | I(q)

1cpc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

ISOLATION, CRYSTALLIZATION, CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS AND REFINEMENT OF CONSTITUTIVE C-PHYCOCYANIN FROM THE CHROMATICALLY ADAPTING CYANOBACTERIUM FREMYELLA DIPLOSIPHON AT 1.66 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-PHYCOCYANIN (ALPHA SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

C-PHYCOCYANIN (BETA SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1cpc__assembly_1__model_1

1cpc__assembly_1__model_1 | I(q)

1cpc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)