SAXSdb — 1cpj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CATHEPSIN B

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 74–333 链 B； UniProt 74–333	突变：S115A	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CPJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CTE CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT RAT CATHEPSIN B AND A CATHEPSIN B-INHIBITOR COMPLEX: IMPLICATIONS FOR STRUCTURE-BASED INHIBITOR DESIGN 提交 1995-05-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–333（254 aa）链 B 80–333（254 aa）	未记录	PYS 2-PYRIDINETHIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1MIR RAT PROCATHEPSIN B 提交 1996-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–339（322 aa）	突变：C29S, S115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1MIR RAT PROCATHEPSIN B 提交 1996-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–339（322 aa）	突变：C29S, S115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1THE CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT RAT CATHEPSIN B AND A CATHEPSIN B-INHIBITOR COMPLEX: IMPLICATIONS FOR STRUCTURE-BASED INHIBITOR DESIGN 提交 1995-09-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 74–333（260 aa）链 B 74–333（260 aa）	突变：S115A 突变：S115A	0E6 amino{[(4S)-4-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}-5-{[(2S)-1-(benzyloxy)-4-chloro-3-oxobutan-2-yl]amino}-5-oxopentyl]amino}met haniminium × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATB_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–260； UniProt 74–333 作者链 B； PDB构建体 1–260； UniProt 74–333

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cpj
沉积日期 deposition_date	1995-07-17
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT RAT CATHEPSIN B AND A CATHEPSIN B-INHIBITOR COMPLEX: IMPLICATIONS FOR STRUCTURE-BASED INHIBITOR DESIGN
关键词 keywords	THIOL PROTEASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.14 Å
零角强度 I(0) i0	55636800.00
分子量 molecular_weight	55105.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67508 Å³
包络体积 envelope_volume	79416 Å³
水化壳体积 shell_volume	28145 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.8 Å
壳层 Rg shell_rg	30.67 Å
包络 Rg envelope_rg	23.27 Å
形状 Rg shape_rg	23.11 Å
总 Rg total_rg	24.04 Å
总原子数 total_atoms	3868
残基数 n_residues	506
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0080e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6813
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.268
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.384
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	10970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.101; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1cpja_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d1cpjb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1cpjA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	1cpjB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	47.090 Å
晶胞边长 b length_b	90.250 Å
晶胞边长 c length_c	62.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1750
R_work r_work	0.1750
R_free r_free	—

描述 description	CATHEPSIN B
分子量 formula_weight	28441.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.1
突变 mutation	S115A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4058

CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT RAT CATHEPSIN B AND A CATHEPSIN B-INHIBITOR COMPLEX: IMPLICATIONS FOR STRUCTURE-BASED INHIBITOR DESIGN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CATHEPSIN B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	190

fit	/app/data/saxs_computation/cp/1cpj/1cpj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cp/1cpj/1cpj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cp/1cpj/1cpj.dat