SAXSdb — 1cqd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PROTEASE II)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	beta-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 THIOSULFATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 THIOSULFATE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 THIOSULFATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 THIOSULFATE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CPGP2_ZINOF
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–221； UniProt 1–221 作者链 B； PDB构建体 1–221； UniProt 1–221 作者链 C； PDB构建体 1–221； UniProt 1–221 作者链 D； PDB构建体 1–221； UniProt 1–221

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cqd
沉积日期 deposition_date	1999-06-15
结构标题 title	THE 2.1 ANGSTROM STRUCTURE OF A CYSTEINE PROTEASE WITH PROLINE SPECIFICITY FROM GINGER RHIZOME, ZINGIBER OFFICINALE
关键词 keywords	CYSTEINE PROTEASE, GLYCOPROTEIN, PROLINE SPECIFICITY, CARBOHYDRATE, PAPAIN FAMILY, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1cqd__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1cqd__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1cqd__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.79 Å
Rg（电子密度）	16.67 Å
总 Rg	17.67 Å
原子数	1689
残基数	216
排除体积	29459 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1cqd__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1cqd__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1cqd__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1cqd__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (PROTEASE II)
分子量 formula_weight	23941.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7171

DDLPDSIDWRENGAVVPVKNQGGCGSCWAFSTVAAVEGINQIVTGDLISLSEQQLVDCTTANHGCRGGWMNPAFQFIVNNGGINSEETYPYRGQDGICNSTVNAPVVSIDSYENVPSHNEQSLQKAVANQPVSVTMDAAGRDFQLYRSGIFTGSCNISANHALTVVGYGTENDKDFWIVKNSWGKNWGESGYIRAERNIENPDGKCGITRFASYPVKKGTN

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	THIOSULFATE
分子量 formula_weight	112.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	373

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1cqda_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d1cqdb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d1cqdc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d1cqdd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1cqdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	1cqdB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	1cqdC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	1cqdD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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晶胞边长 a length_a	93.980 Å
晶胞边长 b length_b	45.450 Å
晶胞边长 c length_c	110.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2490

THE 2.1 ANGSTROM STRUCTURE OF A CYSTEINE PROTEASE WITH PROLINE SPECIFICITY FROM GINGER RHIZOME, ZINGIBER OFFICINALE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PROTEASE II)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1cqd__assembly_3__model_1

1cqd__assembly_3__model_1 | I(q)

1cqd__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

THE 2.1 ANGSTROM STRUCTURE OF A CYSTEINE PROTEASE WITH PROLINE SPECIFICITY FROM GINGER RHIZOME, ZINGIBER OFFICINALE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PROTEASE II)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1cqd__assembly_3__model_1

1cqd__assembly_3__model_1 | I(q)

1cqd__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)