1cqi

Crystal Structure of the Complex of ADP and MG2+ with Dephosphorylated E. Coli Succinyl-CoA Synthetase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SUCCINYL-COA SYNTHETASE ALPHA CHAIN)

Escherichia coli

UniProt P07459

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–287 链 D; UniProt 2–287 片段:ALPHA SUBUNIT PROTEIN (SUCCINYL-COA SYNTHETASE BETA CHAIN) × 2 (P07460) PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.3;AMMONIUM SULFATE, POTASSIUM PHOSPHATE, COENZYME A, pH 7.30, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 3.30 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUCD_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–286; UniProt 2–287 作者链 D; PDB构建体 1–286; UniProt 2–287

PROTEIN (SUCCINYL-COA SYNTHETASE BETA CHAIN)

Escherichia coli

UniProt P07460

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–385 链 E; UniProt 1–385 片段:BETA SUBUNIT PROTEIN (SUCCINYL-COA SYNTHETASE ALPHA CHAIN) × 2 (P07459) PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.3;AMMONIUM SULFATE, POTASSIUM PHOSPHATE, COENZYME A, pH 7.30, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 3.30 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUCC_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–385; UniProt 1–385 作者链 E; PDB构建体 1–385; UniProt 1–385

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cqi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cqi
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cqi
沉积日期 deposition_date1999-08-06
结构标题 titleCrystal Structure of the Complex of ADP and MG2+ with Dephosphorylated E. Coli Succinyl-CoA Synthetase
关键词 keywordsATP-GRASP FOLD, ROSSMANN FOLD, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.14
零角强度 I(0) i0314899000.00
分子量 molecular_weight143500.0 kDa
排除体积 excluded_volume179840 ų
包络体积 envelope_volume232710 ų
水化壳体积 shell_volume53438 ų
包络直径 envelope_diameter121.8
壳层 Rg shell_rg42.85
包络 Rg envelope_rg35.54
形状 Rg shape_rg36.14
总 Rg total_rg36.55
总原子数 total_atoms10054
残基数 n_residues1342
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.2
Rg (实空间) rg_real36.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86
I(0) (实空间) i0_real3.1490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.27
I(0) (倒空间) i0_reciprocal314900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8842
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.6
偏度 Skewness skewness0.355
峰度 Kurtosis kurtosis-0.383
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha85380000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.854

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd1cqia1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.8 — CoA-binding domain
结构域编号 domain_idd1cqia2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family familyc.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_idd1cqib1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family familyc.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_idd1cqib2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamilyd.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family familyd.142.1.4 — Succinyl-CoA synthetase, beta-chain, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1cqid1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.8 — CoA-binding domain
结构域编号 domain_idd1cqid2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family familyc.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_idd1cqie1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family familyc.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_idd1cqie2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamilyd.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family familyd.142.1.4 — Succinyl-CoA synthetase, beta-chain, N-terminal domain

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id1cqiA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1cqiA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily261 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_id1cqiB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id1cqiB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
结构域编号 domain_id1cqiB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily261 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_id1cqiD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1cqiD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily261 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_id1cqiE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id1cqiE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
结构域编号 domain_id1cqiE03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily261 — Succinyl-CoA synthetase domains

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)