SAXSdb — 1cqk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CH3 DOMAIN OF MAK33 ANTIBODY

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 353–453 链 B； UniProt 353–453	片段：CH3 DOMAIN OF MAK33 ANTIBODY 突变：K5A, K16L, K23L	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Tris, ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 18K	分辨率 2.20 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CQK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1I9I NATIVE CRYSTAL STRUCTURE OF THE RECOMBINANT MONOCLONAL WILD TYPE ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT 提交 2001-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–215（215 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；peg3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.72 Å R-free 0.252
1I9J TESTOSTERONE COMPLEX STRUCTURE OF THE RECOMBINANT MONOCLONAL WILD TYPE ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT 提交 2001-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–215（215 aa）	未记录	TES TESTOSTERONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；peg3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
1KCU CRYSTAL STRUCTURE OF ANTIBODY PC287 提交 2001-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–214（214 aa）片段：heavy chain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；300 K；15% PEG 8K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.20 Å R-free 0.249

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9R1A4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–101； UniProt 353–453 作者链 B； PDB构建体 1–101； UniProt 353–453

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cqk
沉积日期 deposition_date	1999-08-06
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE CH3 DOMAIN FROM THE MAK33 ANTIBODY
关键词 keywords	CONSTANT DOMAIN, C1-SUBSET, IMMUNOGLOBULIN, Immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.76 Å
零角强度 I(0) i0	10027100.00
分子量 molecular_weight	23008.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28534 Å³
包络体积 envelope_volume	33061 Å³
水化壳体积 shell_volume	16511 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.8 Å
壳层 Rg shell_rg	22.73 Å
包络 Rg envelope_rg	17.02 Å
形状 Rg shape_rg	16.79 Å
总 Rg total_rg	17.64 Å
总原子数 total_atoms	1622
残基数 n_residues	202
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.8 Å
Rg (实空间) rg_real	18.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8147
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.097
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.500
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2742000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1cqka_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1cqkb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1cqkA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1cqkB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.700 Å
晶胞边长 b length_b	42.800 Å
晶胞边长 c length_c	50.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1963
R_free r_free	0.2486

描述 description	CH3 DOMAIN OF MAK33 ANTIBODY
分子量 formula_weight	11520.8 kDa
突变 mutation	K5A, K16L, K23L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1699

CRYSTAL STRUCTURE OF THE CH3 DOMAIN FROM THE MAK33 ANTIBODY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CH3 DOMAIN OF MAK33 ANTIBODY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	77

fit	/app/data/saxs_computation/cq/1cqk/1cqk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cq/1cqk/1cqk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cq/1cqk/1cqk.dat