1crk

MITOCHONDRIAL CREATINE KINASE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 146.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CREATINE KINASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 40–419 链 B； UniProt 40–419 链 C； UniProt 40–419 链 D； UniProt 40–419	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.7；pH 6.7	分辨率 3.00 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KCRS_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–380； UniProt 40–419 作者链 B； PDB构建体 1–380； UniProt 40–419 作者链 C； PDB构建体 1–380； UniProt 40–419 作者链 D； PDB构建体 1–380； UniProt 40–419

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1crk
沉积日期 deposition_date	1996-03-08
结构标题 title	MITOCHONDRIAL CREATINE KINASE
关键词 keywords	TRANSFERASE, CREATINE KINASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.19 Å
零角强度 I(0) i0	464029000.00
分子量 molecular_weight	173540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	215560 Å³
包络体积 envelope_volume	296260 Å³
水化壳体积 shell_volume	54416 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.2 Å
壳层 Rg shell_rg	50.48 Å
包络 Rg envelope_rg	43.86 Å
形状 Rg shape_rg	45.20 Å
总 Rg total_rg	45.38 Å
总原子数 total_atoms	12184
残基数 n_residues	1520
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.1 Å
Rg (实空间) rg_real	45.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	464100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8041
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.077
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.644
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	57810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1crka1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.83 — Guanido kinase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	a.83.1 — Guanido kinase N-terminal domain
家族 Family family	a.83.1.1 — Guanido kinase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1crka2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.128 — Glutamine synthetase/guanido kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.128.1 — Glutamine synthetase/guanido kinase
家族 Family family	d.128.1.2 — Guanido kinase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1crkb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.83 — Guanido kinase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	a.83.1 — Guanido kinase N-terminal domain
家族 Family family	a.83.1.1 — Guanido kinase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1crkb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.128 — Glutamine synthetase/guanido kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.128.1 — Glutamine synthetase/guanido kinase
家族 Family family	d.128.1.2 — Guanido kinase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1crkc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.83 — Guanido kinase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	a.83.1 — Guanido kinase N-terminal domain
家族 Family family	a.83.1.1 — Guanido kinase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1crkc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.128 — Glutamine synthetase/guanido kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.128.1 — Glutamine synthetase/guanido kinase
家族 Family family	d.128.1.2 — Guanido kinase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1crkd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.83 — Guanido kinase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	a.83.1 — Guanido kinase N-terminal domain
家族 Family family	a.83.1.1 — Guanido kinase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1crkd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.128 — Glutamine synthetase/guanido kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.128.1 — Glutamine synthetase/guanido kinase
家族 Family family	d.128.1.2 — Guanido kinase catalytic domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1crkA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	135 — Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1crkA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1crkB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	135 — Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1crkB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1crkC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	135 — Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1crkC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1crkD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	135 — Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1crkD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	126.000 Å
晶胞边长 b length_b	126.000 Å
晶胞边长 c length_c	144.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 42
空间群编号 int_tables_number	77
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2170
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2640

描述 description	CREATINE KINASE
分子量 formula_weight	43259.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.3.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12184

MITOCHONDRIAL CREATINE KINASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CREATINE KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

fit	/app/data/saxs_computation/cr/1crk/1crk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cr/1crk/1crk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cr/1crk/1crk.dat