1ct8

CATALYTIC ANTIBODY 7C8 COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 155.8 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	聚集状态	实体与构建体证据	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 4 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：tetrameric	实体 1：7C8 FAB FRAGMENT; SHORT CHAIN × 2 实体 2：7C8 FAB FRAGMENT; LONG CHAIN × 2 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 TAA [4-(2,2,2-TRIFLUORO-ACETYLAMINO)-BENZYL]-PHOSPHONIC ACID MONO-[2-(2,2-DICHLORO-1-HYDROXY-ETHYLAMINO)-3-HYDROXY-1-(4-NITRO-PHENYL)-PROPYL] ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop vapor diffusion; seeding used；pH 4；291 K；30% (w/V) PEG 8000 200mM Ammonium sulfate, pH 4.0, hanging drop vapor diffusion; seeding used, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.275
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 2 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：dimeric	实体 1：7C8 FAB FRAGMENT; SHORT CHAIN × 1 实体 2：7C8 FAB FRAGMENT; LONG CHAIN × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 TAA [4-(2,2,2-TRIFLUORO-ACETYLAMINO)-BENZYL]-PHOSPHONIC ACID MONO-[2-(2,2-DICHLORO-1-HYDROXY-ETHYLAMINO)-3-HYDROXY-1-(4-NITRO-PHENYL)-PROPYL] ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop vapor diffusion; seeding used；pH 4；291 K；30% (w/V) PEG 8000 200mM Ammonium sulfate, pH 4.0, hanging drop vapor diffusion; seeding used, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.275
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 2 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：dimeric	实体 1：7C8 FAB FRAGMENT; SHORT CHAIN × 1 实体 2：7C8 FAB FRAGMENT; LONG CHAIN × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 TAA [4-(2,2,2-TRIFLUORO-ACETYLAMINO)-BENZYL]-PHOSPHONIC ACID MONO-[2-(2,2-DICHLORO-1-HYDROXY-ETHYLAMINO)-3-HYDROXY-1-(4-NITRO-PHENYL)-PROPYL] ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop vapor diffusion; seeding used；pH 4；291 K；30% (w/V) PEG 8000 200mM Ammonium sulfate, pH 4.0, hanging drop vapor diffusion; seeding used, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.275

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ct8
沉积日期 deposition_date	1999-08-20
结构标题 title	CATALYTIC ANTIBODY 7C8 COMPLEX
关键词 keywords	ABZYME TRANSITION STATE ANALOG, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.20 Å
零角强度 I(0) i0	145499000.00
分子量 molecular_weight	95716.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118780 Å³
包络体积 envelope_volume	159250 Å³
水化壳体积 shell_volume	36163 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.1 Å
壳层 Rg shell_rg	39.88 Å
包络 Rg envelope_rg	42.20 Å
形状 Rg shape_rg	42.15 Å
总 Rg total_rg	42.23 Å
总原子数 total_atoms	6726
残基数 n_residues	868
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	155.8 Å
Rg (实空间) rg_real	42.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	145400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7053
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.691
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.251
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.355; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.326; Smooth: 0.775

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	7C8 FAB FRAGMENT; SHORT CHAIN
分子量 formula_weight	23546.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6921

ELVMTQTPATLSVTPGDSVSLSCRASQSVSNKLHWYQQKSHESPRLLIKFASQSIPGIPSRFSGSGSGSDFTLSINSVETEDFGIYFCHQTHGRPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	7C8 FAB FRAGMENT; LONG CHAIN
分子量 formula_weight	23668.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

QVKLLESGAVLVKPGASVKLSCKTSGFTFSSSYINWLKQKPGQSLEWIAWIYAGSGGTVYNQHFTDKARLTVDTSSSTAYMQFSSLTTEDSAIYYCARYRYDEGFAYWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;[4-(2,2,2-TRIFLUORO-ACETYLAMINO)-BENZYL]-PHOSPHONIC ACID MONO-[2-(2,2-DICHLORO-1-HYDROXY-ETHYLAMINO)-3-HYDROXY-1-(4-NITRO-PHENYL)-PROPYL] ESTER ;
分子量 formula_weight	590.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	195

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1ct8a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ct8a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ct8b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ct8b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ct8c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ct8c2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ct8d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ct8d2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1ct8A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ct8A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ct8B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ct8B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ct8C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ct8C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ct8D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ct8D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.558 Å
晶胞边长 b length_b	65.612 Å
晶胞边长 c length_c	117.761 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	14.300 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2750

fit	/app/data/saxs_computation/ct/1ct8/1ct8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ct/1ct8/1ct8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ct/1ct8/1ct8.dat

CATALYTIC ANTIBODY 7C8 COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)