SAXSdb — 1cvr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GINGIPAIN R

Porphyromonas gingivalis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-phenylalaninamide × 1 CALCIUM ION × 6 ZINC ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CPG2_PORGI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–435； UniProt 230–664

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cvr
沉积日期 deposition_date	1999-08-24
结构标题 title	Crystal structure of the Arg specific cysteine proteinase gingipain R (RGPB)
关键词 keywords	CASPASES, CYSTEINE PROTEINASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1cvr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1cvr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1cvr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.28 Å
Rg（电子密度）	21.21 Å
总 Rg	22.18 Å
原子数	3387
残基数	432
排除体积	60396 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1cvr__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GINGIPAIN R
分子量 formula_weight	47932.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3709

YTPVEEKENGRMIVIVAKKYEGDIKDFVDWKNQRGLRTEVKVAEDIASPVTANAIQQFVKQEYEKEGNDLTYVLLVGDHKDIPAKITPGIKSDQVYGQIVGNDHYNEVFIGRFSCESKEDLKTQIDRTIHYERNITTEDKWLGQALCIASAEGGPSADNGESDIQHENVIANLLTQYGYTKIIKCYDPGVTPKNIIDAFNGGISLVNYTGHGSETAWGTSHFGTTHVKQLTNSNQLPFIFDVACVNGDFLFSMPCFAEALMRAQKDGKPTGTVAIIASTIDQYWAPPMRGQDEMNEILCEKHPNNIKRTFGGVTMNGMFAMVEKYKKDGENMLDTWTVFGDPSLLVRTLVPTEMQVTAPANISASAQTFEVACDYNGAIATLSDDGDMVGTAIVKDGKAIIKLNESIADETNLTLTVVGYNKVTVIKDVKVEGTS

来源 Source

来源生物 organism	Porphyromonas gingivalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	837

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-phenylalaninamide
分子量 formula_weight	501.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	322

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1cvra1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.12 — Gingipain R (RgpB), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1cvra2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.2 — Gingipain R (RgpB), N-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1cvrA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10390 — Gingipain r; domain 1

结构域编号 domain_id	1cvrA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	1cvrA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	51.930 Å
晶胞边长 b length_b	79.920 Å
晶胞边长 c length_c	99.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1630
R_free r_free	0.2070

Crystal structure of the Arg specific cysteine proteinase gingipain R (RGPB)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GINGIPAIN R

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1cvr__assembly_1__model_1

1cvr__assembly_1__model_1 | I(q)

1cvr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Arg specific cysteine proteinase gingipain R (RGPB)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GINGIPAIN R

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1cvr__assembly_1__model_1

1cvr__assembly_1__model_1 | I(q)

1cvr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)