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1cw5

SOLUTION STRUCTURE OF CARNOBACTERIOCIN B2

Method: SOLUTION NMR Dmax: 71.0 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYPE IIA BACTERIOCIN CARNOBACTERIOCIN B2

物种未注明

UniProt P38580

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 19–66 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 2.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT NMR样品组成：5.0 MG CARNOBACTERIOCIN B2 IS DISOLVED IN 700 UL OF TFE-D3/H2O, 90%:10% V/V, PH 2.8. 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CW5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1RY3 NMR Solution Structure of the Precursor for Carnobacteriocin B2, an Antimicrobial Peptide from Carnobacterium piscicola 提交 2003-12-19 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 2；308 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM precarnobacteriocin B2 U-15N | 70% TFE-d3, 30% H2O
NMR样品组成 1 mM precarnobacteriocin B2 U-15N,U-13C | 70% TFE-d3, 30% D2O
分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBB2_CARPI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–48； UniProt 19–66

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cw5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cw5
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cw5
沉积日期 deposition_date1999-08-25
结构标题 titleSOLUTION STRUCTURE OF CARNOBACTERIOCIN B2
关键词 keywordsANTIMICROBIAL PEPTIDE, HELIX, BACTERIOCIN, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.87 Å
零角强度 I(0) i0171152000.00
分子量 molecular_weight99471.0 kDa
排除体积 excluded_volume121210 ų
包络体积 envelope_volume54596 ų
水化壳体积 shell_volume20518 ų
包络直径 envelope_diameter78.3 Å
壳层 Rg shell_rg29.06 Å
包络 Rg envelope_rg22.78 Å
形状 Rg shape_rg17.79 Å
总 Rg total_rg18.70 Å
总原子数 total_atoms13620
残基数 n_residues960
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.0 Å
Rg (实空间) rg_real18.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal171100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7007
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.2 Å
偏度 Skewness skewness0.478
峰度 Kurtosis kurtosis-0.269
角度范围 angular_range— – 0.4350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha55550.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.589; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.339; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1cw5a_
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.106 — Leucocin-like bacteriocin
超家族 Superfamily superfamilyj.106.1 — Leucocin-like bacteriocin
家族 Family familyj.106.1.1 — Leucocin-like bacteriocin

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1cw5A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)