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1cx4

CRYSTAL STRUCTURE OF A DELETION MUTANT OF THE TYPE II BETA REGULATORY SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE REGULATORY SUBUNIT TYPE II BETA

Rattus norvegicus

UniProt P12369

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 112–416 片段：CAMP BINDING DOMAINS CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.75；pH 7.75 分辨率 2.45 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CX4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3IDB Crystal structure of (108-268)RIIb:C holoenzyme of cAMP-dependent protein kinase 提交 2009-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 108–268（161 aa） 片段：UNP residues 108-268
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION UNDER OIL (VDUO)；pH 7.5；298 K；8% PEG 3350, 40 mM Bis-Tris pH 7.5, 0.05 mM Na Acetate, VAPOR DIFFUSION UNDER OIL (VDUO), temperature 298.0K
分辨率 1.62 Å R-free 0.230
3IDC Crystal structure of (102-265)RIIb:C holoenzyme of cAMP-dependent protein kinase 提交 2009-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 102–265（164 aa） 片段：UNP residues 102-265
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION UNDER OIL (VDUO)；pH 7.5；298 K；8% PEG 3350, 40 mM Bis-Tris pH 7.5, 0.05 mM Na Acetate, VAPOR DIFFUSION UNDER OIL (VDUO), temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.319
4JVA Crystal Structure of RIIbeta(108-402) bound to HE33, a N6 di-propyl substituted cAMP analog 提交 2013-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 112–416（305 aa） 片段：RIIbeta(108-402) of cAMP-dependent Protein Kinase
突变：deletion mutant 1OR (2R,4aR,6R,7R,7aS)-6-[6-(dipropylamino)-9H-purin-9-yl]tetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinine-2,7-diol 2-oxide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion under oil (VDUO)；pH 6；298 K；20% PEG 4000, 80 mM Bis-Tris 6.0, and 50 mM MgCl2 using the Oryx crystallization robot (Douglas Instruments) in modified microbatch mode, vapor diffusion under oil (VDUO) , temperature 298.0K
分辨率 2.50 Å R-free 0.278
6WJF PKA RIIbeta holoenzyme with DnaJB1-PKAc fusion in fibrolamellar hepatoceullar carcinoma 提交 2020-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–416（416 aa）
链 D 1–416（416 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6WJG PKA RIIbeta holoenzyme with DnaJB1-PKAc fusion in fibrolamellar hepatoceullar carcinoma 提交 2020-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–416（416 aa）
链 D 1–416（416 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.20 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAP3_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–305； UniProt 112–416

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cx4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cx4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cx4
沉积日期 deposition_date1999-08-28
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF A DELETION MUTANT OF THE TYPE II BETA REGULATORY SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
关键词 keywordsBETA BARREL, CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE, CAMP-BINDING, REGULATORY SUBUNIT, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.50 Å
零角强度 I(0) i018097900.00
分子量 molecular_weight31515.0 kDa
排除体积 excluded_volume39170 ų
包络体积 envelope_volume45838 ų
水化壳体积 shell_volume19871 ų
包络直径 envelope_diameter65.1 Å
壳层 Rg shell_rg25.70 Å
包络 Rg envelope_rg19.57 Å
形状 Rg shape_rg19.50 Å
总 Rg total_rg20.34 Å
总原子数 total_atoms2207
残基数 n_residues275
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.2 Å
Rg (实空间) rg_real20.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9067
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.1 Å
偏度 Skewness skewness0.192
峰度 Kurtosis kurtosis-0.451
角度范围 angular_range— – 0.3850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3171000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1cx4a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.3 — cAMP-binding domain-like
家族 Family familyb.82.3.2 — cAMP-binding domain
结构域编号 domain_idd1cx4a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.3 — cAMP-binding domain-like
家族 Family familyb.82.3.2 — cAMP-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1cx4A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls
结构域编号 domain_id1cx4A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)