SAXSdb — 1cxc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–145	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CXC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CXA CRYSTALLIZATION AND X-RAY STRUCTURE DETERMINATION OF CYTOCHROME C2 FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES IN THREE CRYSTAL FORMS 提交 1994-02-14	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–145（124 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1L9B X-Ray Structure of the Cytochrome-c(2)-Photosynthetic Reaction Center Electron Transfer Complex from Rhodobacter sphaeroides in Type II Co-Crystals 提交 2002-03-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 22–145（124 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 9 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 2 FE2 FE (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 U10 UBIQUINONE-10 × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；10% PEG 4000, 0.06%(w/v) lauryldimethylamine-N-oxide, 3.9%(w/v) heptane-1,2,3-triol, 15 mM Tricine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
1L9J X-Ray Structure of the Cytochrome-c(2)-Photosynthetic Reaction Center Electron Transfer Complex from Rhodobacter sphaeroides in Type I Co-Crystals 提交 2002-03-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 22–145（124 aa）	未记录	BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 FE2 FE (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 U10 UBIQUINONE-10 × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；PEG 4000, lauryl-dimethylamine-N-oxide, heptane-1,2,3-triol, tricine buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.25 Å R-free 0.287
1L9J X-Ray Structure of the Cytochrome-c(2)-Photosynthetic Reaction Center Electron Transfer Complex from Rhodobacter sphaeroides in Type I Co-Crystals 提交 2002-03-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 22–145（124 aa）	未记录	BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 FE2 FE (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 U10 UBIQUINONE-10 × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；PEG 4000, lauryl-dimethylamine-N-oxide, heptane-1,2,3-triol, tricine buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.25 Å R-free 0.287
2CXB CRYSTALLIZATION AND X-RAY STRUCTURE DETERMINATION OF CYTOCHROME C2 FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES IN THREE CRYSTAL FORMS 提交 1994-04-21	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–145（124 aa）	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å
2CXB CRYSTALLIZATION AND X-RAY STRUCTURE DETERMINATION OF CYTOCHROME C2 FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES IN THREE CRYSTAL FORMS 提交 1994-04-21	结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–145（124 aa）	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYC2_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–124； UniProt 22–145

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cxc
沉积日期 deposition_date	1994-02-14
结构标题 title	CRYSTALLIZATION AND X-RAY STRUCTURE DETERMINATION OF CYTOCHROME C2 FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES IN THREE CRYSTAL FORMS
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT (CYTOCHROME); ELECTRON TRANSPORT (CYTOCHROME)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.33 Å
零角强度 I(0) i0	3719650.00
分子量 molecular_weight	13631.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16983 Å³
包络体积 envelope_volume	18384 Å³
水化壳体积 shell_volume	11707 Å³
包络直径 envelope_diameter	46.7 Å
壳层 Rg shell_rg	19.22 Å
包络 Rg envelope_rg	13.67 Å
形状 Rg shape_rg	13.31 Å
总 Rg total_rg	14.62 Å
总原子数 total_atoms	962
残基数 n_residues	124
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	46.6 Å
Rg (实空间) rg_real	14.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7200e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8330e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8898
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.133
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.340
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	630500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1cxca_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1cxcA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.330 Å
晶胞边长 b length_b	82.330 Å
晶胞边长 c length_c	37.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	—
R_free r_free	—

描述 description	CYTOCHROME C2
分子量 formula_weight	13488.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	986

CRYSTALLIZATION AND X-RAY STRUCTURE DETERMINATION OF CYTOCHROME C2 FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES IN THREE CRYSTAL FORMS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

fit	/app/data/saxs_computation/cx/1cxc/1cxc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cx/1cxc/1cxc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cx/1cxc/1cxc.dat