1cxp

CRYOGENIC CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYELOPEROXIDASE ISOFORM C

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MYELOPEROXIDASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 2	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 CHLORIDE ION × 2 SULFATE ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CALCIUM ION × 2 ACETATE ION × 6 water × 4	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 1	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CHLORIDE ION × 1 SULFATE ION × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1 ACETATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 1	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CHLORIDE ION × 1 SULFATE ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1 ACETATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PERM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–104； UniProt 167–270 作者链 B； PDB构建体 1–104； UniProt 167–270 作者链 C； PDB构建体 1–466； UniProt 279–744 作者链 D； PDB构建体 1–466； UniProt 279–744

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cxp
沉积日期 deposition_date	1999-08-30
结构标题 title	CRYOGENIC CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYELOPEROXIDASE ISOFORM C
关键词 keywords	HEME-PROTEIN, PEROXIDASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1cxp__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1cxp__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1cxp__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.61 Å
Rg（电子密度）	23.29 Å
总 Rg	24.24 Å
原子数	4732
残基数	569
排除体积	83978 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1cxp__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1cxp__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1cxp__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MYELOPEROXIDASE
分子量 formula_weight	11903.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.7
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10307

CPEQDKYRTITGMCNNRRSPTLGASNRAFVRWLPAEYEDGFSLPYGWTPGVKRNGFPVALARAVSNEIVRFPTDQLTPDQERSLMFMQWGQLLDHDLDFTPEPA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MYELOPEROXIDASE
分子量 formula_weight	53234.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.7
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

VNCETSCVQQPPCFPLKIPPNDPRIKNQADCIPFFRSCPACPGSNITIRNQINALTSFVDASMVYGSEEPLARNLRNMSNQLGLLAVNQRFQDNGRALLPFDNLHDDPCLLTNRSARIPCFLAGDTRSSEMPELTSMHTLLLREHNRLATELKSLNPRWDGERLYQEARKIVGAMVQIITYRDYLPLVLGPTAMRKYLPTYRSYNDSVDPRIANVFTNAFRYGHTLIQPFMFRLDNRYQPMEPNPRVPLSRVFFASWRVVLEGGIDPILRGLMATPAKLNRQNQIAVDEIRERLFEQVMRIGLDLPALNMQRSRDHGLPGYNAWRRFCGLPQPETVGQLGTVLRNLKLARKLMEQYGTPNNIDIWMGGVSEPLKRKGRVGPLLACIIGTQFRKLRDGDRFWWENEGVFSMQQRQALAQISLPRIICDNTGITTVSKNNIFMSNSYPRDFVNCSTLPALNLASWREA

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1057.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	838

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1cxp.1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamily	a.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family family	a.93.1.2 — Myeloperoxidase-like

结构域编号 domain_id	d1cxp.2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamily	a.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family family	a.93.1.2 — Myeloperoxidase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1cxpC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	640 — Myeloperoxidase, subunit C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Haem peroxidase domain superfamily, animal type

结构域编号 domain_id	1cxpD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	640 — Myeloperoxidase, subunit C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Haem peroxidase domain superfamily, animal type

▶

晶胞边长 a length_a	111.030 Å
晶胞边长 b length_b	63.380 Å
晶胞边长 c length_c	92.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2390

CRYOGENIC CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYELOPEROXIDASE ISOFORM C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MYELOPEROXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1cxp__assembly_3__model_1

1cxp__assembly_3__model_1 | I(q)

1cxp__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (5)

CRYOGENIC CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYELOPEROXIDASE ISOFORM C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MYELOPEROXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1cxp__assembly_3__model_1

1cxp__assembly_3__model_1 | I(q)

1cxp__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (5)