SAXSdb — 1cxw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN MATRIX METALLOPROTEINASE 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 278–336	片段：THE SECOND TYPE II MODULE	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR测量条件：pH 5.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成：1.3MM COL-2 NA; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成：1.3MM COL-2 NA; D2O NMR样品组成：1MM COL-2 U-15N; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成：4MM COL-2 U-15N; 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CXW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CK7 GELATINASE A (FULL-LENGTH) 提交 1999-04-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–660（631 aa）片段：FULL-LENGTH	突变：E404A	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8	分辨率 2.80 Å R-free 0.327
1EAK Catalytic domain of proMMP-2 E404Q mutant 提交 2001-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 32–452（421 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 32-452 链 C 32–452（421 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 32-452	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PH 8.50	分辨率 2.66 Å R-free 0.303
1EAK Catalytic domain of proMMP-2 E404Q mutant 提交 2001-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 32–452（421 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 32-452 链 D 32–452（421 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 32-452	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PH 8.50	分辨率 2.66 Å R-free 0.303
1GEN C-TERMINAL DOMAIN OF GELATINASE A 提交 1995-07-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 443–660（218 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å R-free 0.260
1GXD proMMP-2/TIMP-2 complex 提交 2002-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–660（631 aa）	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.50	分辨率 3.10 Å R-free 0.333
1GXD proMMP-2/TIMP-2 complex 提交 2002-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–660（631 aa）	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.50	分辨率 3.10 Å R-free 0.333
1HOV SOLUTION STRUCTURE OF A CATALYTIC DOMAIN OF MMP-2 COMPLEXED WITH SC-74020 提交 2000-12-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–256（147 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 I52 N-{4-[(1-HYDROXYCARBAMOYL-2-METHYL-PROPYL)-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHYL)-SULFAMOYL]-4-PENTYL-BENZAMIDE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.3-0.4mM U-15N, 13C MMP-2C: unlabeled SC-74020 in 20mM TRIS-d11-HCl, 5mM CaCl2, 10uM ZnCl2, 20uM unlabeled SC-74020 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1J7M The Third Fibronectin Type II Module from Human Matrix Metalloproteinase 2 提交 2001-05-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 337–394（58 aa）片段：third fibronectin type II module	突变：E11G	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM col-3 NA; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5mM col-3 NA; D2O \| D2O NMR样品组成 1mM col-3 U-15n; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1KS0 The First Fibronectin Type II Module from Human Matrix Metalloproteinase 2 提交 2002-01-10	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 223–282（60 aa）片段：First Fibronectin Type II Module	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM col-1; 90% H2O, 10% d6-acetone \| 90% H2O, 10% d6-acetone NMR样品组成 0.5mM col-1; 90% D2O, 10% d6-acetone \| 90% D2O, 10% d6-acetone NMR样品组成 0.7mM col-1 15N; 90% H2O, 10% d6-acetone \| 90% H2O, 10% d6-acetone	分辨率未提供
1QIB CRYSTAL STRUCTURE OF GELATINASE A CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-06-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–213（99 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 88-250 WITH THE FIBRONECTIN DOMAIN DELETED 链 A 394–449（56 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 88-250 WITH THE FIBRONECTIN DOMAIN DELETED	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
1RTG C-TERMINAL DOMAIN (HAEMOPEXIN-LIKE DOMAIN) OF HUMAN MATRIX METALLOPROTEINASE-2 提交 1995-12-21	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 451–660（210 aa）片段：C-TERMINAL RESIDUES 451 - 660, HAEMOPEXIN-LIKE DOMAIN	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
3AYU Crystal structure of MMP-2 active site mutant in complex with APP-drived decapeptide inhibitor 提交 2011-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–219（110 aa）片段：UNP residues 110-219 and 394-450 链 A 394–450（57 aa）片段：UNP residues 110-219 and 394-450	突变：E108K, Q110V, E121A 突变：E108K, Q110V, E121A	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.205

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MMP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–60； UniProt 278–336

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cxw
沉积日期 deposition_date	1999-08-31
结构标题 title	THE SECOND TYPE II MODULE FROM HUMAN MATRIX METALLOPROTEINASE 2
关键词 keywords	BETA SHEET, ALPHA HELIX, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	10.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.44 Å
零角强度 I(0) i0	1863020000.00
分子量 molecular_weight	338220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	409020 Å³
包络体积 envelope_volume	16716 Å³
水化壳体积 shell_volume	11138 Å³
包络直径 envelope_diameter	40.4 Å
壳层 Rg shell_rg	18.62 Å
包络 Rg envelope_rg	13.00 Å
形状 Rg shape_rg	10.41 Å
总 Rg total_rg	10.59 Å
总原子数 total_atoms	44650
残基数 n_residues	3000
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	35.0 Å
Rg (实空间) rg_real	10.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8630e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8900e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	10.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1863000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7976
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.025
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.488
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	86030.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1cxwa1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1cxwa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1cxwA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	HUMAN MATRIX METALLOPROTEINASE 2
分子量 formula_weight	6773.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	44650

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

THE SECOND TYPE II MODULE FROM HUMAN MATRIX METALLOPROTEINASE 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN MATRIX METALLOPROTEINASE 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/cx/1cxw/1cxw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cx/1cxw/1cxw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cx/1cxw/1cxw.dat